單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)也可以做gsea，步驟跟用RNAseq的數(shù)據(jù)差不多，主要是要用到差異基因并且根據(jù)Fold change來(lái)排序。 選擇自己數(shù)據(jù)的物種...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)（scRNAseq）可以做GSEA嗎？ -
【單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組】單細(xì)胞小記—什么是擬時(shí)間分析在發(fā)育過(guò)程中，細(xì)胞對(duì)內(nèi)外環(huán)境的刺激發(fā)生反應(yīng)，從一種狀態(tài)轉(zhuǎn)變成另外一種狀態(tài)。比如說(shuō)精卵結(jié)合形成受精卵，隨著不同基因的激活，逐漸分化成不同的組織和器...
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如何通過(guò)CHIP-seq分析鑒別基因啟動(dòng)子和增強(qiáng)子
一、表觀遺傳學(xué)的組蛋白修飾 染色體一個(gè)核小體由兩個(gè)H2A，兩個(gè)H2B，兩個(gè)H3，兩個(gè)H4組成的組蛋白八聚體和147bp纏繞在外面的DNA組成。組...
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scRNAseq：h5文件轉(zhuǎn)化為matrix表達(dá)矩陣前言 ??今天想跟大家分享一下單細(xì)胞分析中的一個(gè)需求，就是如何將h5的表達(dá)量文件轉(zhuǎn)化為常見的表達(dá)矩陣。大部分情況下，我們是不需要用到這個(gè)需求，因...
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根據(jù)barcode過(guò)濾bam文件
10x 單細(xì)胞產(chǎn)生的BAM文件可以根據(jù)所需的barcode進(jìn)行過(guò)濾。首先，將所需的cell barcode條形碼放入 filter.txt中。并...
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單細(xì)胞Seurat包升級(jí)之2,700 PBMCs分析（下）劉小澤寫于19.8.19主要介紹官方教程PBMC 3K的下游分析（https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3...
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monocle3 的安裝monocle2在解決細(xì)胞軌跡排布結(jié)果可讀性上確實(shí)讓人歡喜，但monocle2有個(gè)致命的確定，就是分析的細(xì)胞數(shù)目有限，最近在分析一個(gè)65000多...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞類型注釋分析合集
SingleR 使用SingleR包進(jìn)行單細(xì)胞類型注釋分析 Celaref 使用Celaref包進(jìn)行單細(xì)胞類型注釋分析（一）：Celaref O...
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ATAC-seq分析干貨-2
作者 | Arno審稿 | 童蒙編輯 | amethyst 上一期我們介紹了ATAC-seq相關(guān)的背景知識(shí)。ATAC-Seq能幫助我們從全基因組...
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SNARE-seq：RNA-seq和ATAC-seq合體High-throughput sequencing of the transcriptome and chromatin accessibil...
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