metid包來源于MetDNA中用于二級(jí)譜圖匹配的算法，并進(jìn)行了優(yōu)化，又新加了能夠用于in-house代謝物庫構(gòu)建的功能。 1. metid包的...
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R package：metID(七)：代謝物的鑒定 -
控制混雜偏倚-匯總混雜因素通常具備以下幾個(gè)特點(diǎn)： *混雜因素必須與研究結(jié)局密切相關(guān)； * 混雜因素又與研究的暴露/處理因素有關(guān)； * 混雜因素一定不是暴露/...
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孟德爾隨機(jī)化推斷暴露因素與健康結(jié)局的因果關(guān)系1. 孟德爾隨機(jī)化方法 傳統(tǒng)觀察性流行病學(xué)研究在發(fā)現(xiàn)疾病病因以及因果推斷中存在諸多挑戰(zhàn)，比如反向因果關(guān)聯(lián)、潛在混雜因素、微效暴露因素以及多重檢驗(yàn)...
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免疫細(xì)胞注釋-3：B細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋： 免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.itdecent.cn/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)...
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future——加速你的單細(xì)胞分析由于單細(xì)胞數(shù)據(jù)本身就具有數(shù)據(jù)量大的特點(diǎn)，所以在進(jìn)行單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析時(shí)往往會(huì)出現(xiàn)運(yùn)行時(shí)間太長(zhǎng)的問題。 不過好在 Seurat 為我們提供了部分函數(shù)與...
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基于 MAGMA 的 gene-based 關(guān)聯(lián)分析研究
之前已經(jīng)寫過兩篇gene-based 關(guān)聯(lián)分析研究，感興趣翻往期推文： 基于GCTA的gene-based關(guān)聯(lián)分析研究[https://mp.w...
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SCENIC單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析1. 簡(jiǎn)介 SCENIC（single-cell regulatory network inference and clustering）是一個(gè)...
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R數(shù)據(jù)分析：廣義估計(jì)方程式GEE的做法和解釋
好久沒有更新文章了，因?yàn)橥瑢W(xué)們咨詢的問題有點(diǎn)多，另一個(gè)原因就是自己實(shí)在太懶。。。。 今天繼續(xù)給大家寫廣義估計(jì)方程式GEE。 In statist...
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【搬磚】整理datasets——去除批次效應(yīng)背景 上次選擇了一個(gè)新開發(fā)的跨平臺(tái)歸一化工具 MatchMixeR，（失敗了），但是在文章里發(fā)現(xiàn)作者把自己的工具與已有的工具進(jìn)行比較，順藤摸瓜發(fā)...
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文獻(xiàn)閱讀——clinical cancer research（10分）上的免疫學(xué)文章閱讀Tamborero D, et al., A Pan-cancer Landscape of Interactions between Soli...
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