發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：浙江
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【隨筆】既來(lái)之則安之
臨畢業(yè)不到2年，臨床博導(dǎo)一錘定音拒絕濕實(shí)驗(yàn)，讓我們就做生信！誰(shuí)能想到，導(dǎo)師本身沒(méi)有生信背景，卻要求自學(xué)生信呢？ 拖到現(xiàn)在還剩1年多，我的科研進(jìn)展...
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【搬磚】計(jì)算HRD（first try）HRD score = LOH + TAI + LST 參考：Sztupinszki et al, Migrating the SNP arra...
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【科研工具】Zotero+Zotfile+堅(jiān)果云實(shí)現(xiàn)mac ipad端同步一直用endnote，電腦端用得還行，但是個(gè)人覺(jué)得endnote不同終端的同步有點(diǎn)慢。轉(zhuǎn)手學(xué)習(xí)Zotero配合堅(jiān)果云同步，實(shí)現(xiàn)ipad端閱讀文獻(xiàn)...
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【血的教訓(xùn)】樣本名對(duì)應(yīng)！
看到這條的朋友們趕緊打開(kāi)你們的代碼，看看你們的matrix列名和臨床數(shù)據(jù)里的樣本名的順序有沒(méi)有對(duì)應(yīng)上，特別是做過(guò)combat合并處理的datas...
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【搬磚】整理datasets——去除批次效應(yīng)背景 上次選擇了一個(gè)新開(kāi)發(fā)的跨平臺(tái)歸一化工具 MatchMixeR，（失敗了），但是在文章里發(fā)現(xiàn)作者把自己的工具與已有的工具進(jìn)行比較，順藤摸瓜發(fā)...
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【搬磚】【MatchMixeR無(wú)法使用】對(duì)不同GPL的microarray測(cè)序結(jié)果歸一化分析GEO下載下來(lái)的文件，通常單個(gè)GEO文件內(nèi)包含的樣本量不夠大，用起來(lái)結(jié)果不太好，因此往往需要考慮將多個(gè)GEO文件匯總呈一個(gè)compile。G...
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GPL文件 一個(gè)探針對(duì)應(yīng)多個(gè)symbol 整理成data.frame 【已解決】雖說(shuō)簡(jiǎn)單，但對(duì)R語(yǔ)言不熟悉的人來(lái)說(shuō)還是需要指點(diǎn)一下，才會(huì)用。首先是GPL下載的文件，以GPL96為例。 提取最感興趣的3列。 好的，接下來(lái)需要得...
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【搬磚】構(gòu)建預(yù)后signature 實(shí)踐Cox 回歸模型 寫(xiě)在最開(kāi)頭：誠(chéng)心推薦解螺旋麥子的Cox回歸模型R教學(xué)視頻?。?！如果你對(duì)cox還稀里糊涂的，下面的鏈接，點(diǎn)！15分鐘就能GET超...
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【簡(jiǎn)單掌握】不同基因表達(dá)間的相關(guān)系數(shù)計(jì)算及作圖相關(guān)系數(shù)計(jì)算：相關(guān)系數(shù)、P值 相關(guān)系數(shù)作圖 補(bǔ)充ggcorrplot 更詳細(xì)的作圖細(xì)節(jié)可參考：http://www.itdecent.cn/p...