臨畢業(yè)不到2年，臨床博導(dǎo)一錘定音拒絕濕實(shí)驗(yàn)，讓我們就做生信！誰(shuí)能想到，導(dǎo)師本身沒(méi)有生信背景，卻要求自學(xué)生信呢？ 拖到現(xiàn)在還剩1年多，我的科研進(jìn)展有限，最關(guān)鍵的是在學(xué)習(xí)熱情乃至...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：浙江
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【隨筆】既來(lái)之則安之
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【動(dòng)植物研究動(dòng)態(tài)】2022年1-3月收藏的文獻(xiàn)
微信收藏夾中的文獻(xiàn)解讀，只整理出今年2022年已收藏的部分文獻(xiàn)，之前的太多，不列了。后續(xù)計(jì)劃每周更一次，自己會(huì)看得更認(rèn)真點(diǎn)，解讀更詳細(xì)些。 Nature Genetics |...
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【R報(bào)錯(cuò)】解決Linux下安裝clusterProfiler：object 'get_fun_from_pkg' not found
報(bào)錯(cuò) R version 4.0.3 $RBiocManager::install("clusterProfiler") 解決 原因是rvcheck版本太舊。 1.重新安裝...
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WGCNA分析，簡(jiǎn)單全面的最新教程本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程，參考了最新的文檔。第一全的還在路上，會(huì)出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號(hào)組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析實(shí)戰(zhàn)班上，歡迎點(diǎn)擊鏈接了解更多。 WGC...
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TCGA差異分析|2.DESeq2DESeq2真狠，TCGA-PRAD數(shù)據(jù)差異分析用了半個(gè)小時(shí)，而且還是多線程。這速度也沒(méi)啥提升呀 聲明：本文僅供學(xué)習(xí)交流用，禁止用于商業(yè)用途，如有侵權(quán)，請(qǐng)聯(lián)系刪除。參考鏈接：...
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【搬磚】計(jì)算HRD（first try）HRD score = LOH + TAI + LST 參考：Sztupinszki et al, Migrating the SNP array-based homolog...
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Rstudio包管理一網(wǎng)打盡，最全的R包管理終極教程Rstudio/R的包（package）管理是個(gè)老生常談的問(wèn)題，很少有人去總結(jié)，因?yàn)榇蠹叶颊J(rèn)為比較簡(jiǎn)單。今天我就把所有的安裝和管理R包的方法一起寫(xiě)一寫(xiě)。 一、包在哪里？ CR...
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單基因的腫瘤細(xì)胞系表達(dá)怎么看？CCLE告訴你泛癌的基因表達(dá)量一般可以用TCGA和GTEx實(shí)現(xiàn)，但是腫瘤細(xì)胞系一般用CCLE臨床生信之家[https://www.aclbi.com/static/index.html#/...
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處理CLIP-seq數(shù)據(jù)的方法總結(jié)
CLIP-seq結(jié)合了實(shí)驗(yàn)和測(cè)序方法，可以研究某種蛋白質(zhì)在體內(nèi)的RNA的結(jié)合情況。原理為基于RNA和RNA結(jié)合蛋白在紫外線照射下發(fā)生偶聯(lián)，再經(jīng)過(guò)蛋白特異性抗體將其沉淀，回收片...
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【科研工具】Zotero+Zotfile+堅(jiān)果云實(shí)現(xiàn)mac ipad端同步一直用endnote，電腦端用得還行，但是個(gè)人覺(jué)得endnote不同終端的同步有點(diǎn)慢。轉(zhuǎn)手學(xué)習(xí)Zotero配合堅(jiān)果云同步，實(shí)現(xiàn)ipad端閱讀文獻(xiàn)做筆記，并可在電腦端同步閱讀。...
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當(dāng)來(lái)到運(yùn)動(dòng)系統(tǒng)時(shí)，你會(huì)想到什么？如題：當(dāng)來(lái)到運(yùn)動(dòng)系統(tǒng)時(shí)，你會(huì)想到什么？以什么問(wèn)題的切入，將直接決定我們?cè)谝婚_(kāi)始見(jiàn)到它時(shí)它呈怎樣的面目。如同我們要去了解一個(gè)陌生人，我們也總是會(huì)先想幾個(gè)問(wèn)題，然后與之交流，以圖...
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9. 學(xué)習(xí)與記憶的相關(guān)腦區(qū)【整理】 —— 認(rèn)知神經(jīng)科學(xué)系列文學(xué)習(xí)記憶是大腦最基本也是最重要的高級(jí)神經(jīng)功能之一，一般認(rèn)為，學(xué)習(xí)主要是指人或動(dòng)物通過(guò)神經(jīng)系統(tǒng)接受外界環(huán)境信息而影響自身行為的過(guò)程， 記憶是指獲得的信息或經(jīng)驗(yàn)在腦內(nèi)貯存和提取（...
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NGS二代測(cè)序技術(shù)與轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究--3.溶瘤病毒denovo組裝溶瘤病毒基因組denovo[http://blog.sciencenet.cn/blog-635619-902677.html]組裝 溶瘤病毒[http://www.s...
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NGS二代測(cè)序技術(shù)與轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究--2.RNA-seq部分RNA-seq轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 與cfDNA體細(xì)胞突變檢測(cè)相比，基因表達(dá)相關(guān)的RNA-seq轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在常規(guī)的mRNA、非編碼RNA[http://www.ibp.cas....
