zhn-blogmhw-zh 讀懂FastQC報(bào)告 Part I 通過(guò)前面的5個(gè)問(wèn)題，我相信大家對(duì)Illumina測(cè)序，測(cè)序的儲(chǔ)存文件格式，一些...
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bioinfo100-第6題-讀懂FastQC報(bào)告 Part I -
簡(jiǎn)單小需求：如何將FPKM轉(zhuǎn)換成TPM？
劉小澤寫于19.2.21或許這還是個(gè)比較常用的需求 我們做轉(zhuǎn)錄組分析，得到的結(jié)果可能是FPKM。但是FPKM確實(shí)存在不準(zhǔn)確性，推薦使用TPM。 ...
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RNA-Seq學(xué)習(xí)記錄（二）——入門流程命令
5軟件安裝在上一篇資料搜集的鏈接中大神們已經(jīng)詳細(xì)介紹 以下是我參照鏈接自己跑的流程命令 比對(duì) hisat2 $ hisat2 -p 16 -x ...
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Trim Galore ——自動(dòng)檢測(cè)adapter的質(zhì)控軟件之前分析過(guò)的測(cè)序數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)質(zhì)量都很好，給了我一個(gè)錯(cuò)覺(jué)質(zhì)控的前后差別不是很大，內(nèi)心里對(duì)質(zhì)控這一步也就不是很重視，跑完質(zhì)控有時(shí)也懶得看結(jié)果，拿到一批...
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RNA-seq分析：從fastq到差異表達(dá)基因
RNA-seq的數(shù)據(jù)分析是比較簡(jiǎn)單基礎(chǔ)的分析，大概流程就是處理下機(jī)的fastq數(shù)據(jù)（trimmomatic），比對(duì)到人類基因組（hisat2）然...
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高通量測(cè)序數(shù)據(jù)處理學(xué)習(xí)記錄（零）：NGS分析如何選擇合適的參考基因組和注釋文件前言 現(xiàn)有比對(duì)工具在做mapping之前，都需要下載對(duì)應(yīng)物種的參考基因組做index，而如何選擇合適的參考基因組是一件非常重要的事情。 現(xiàn)有的參...
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提取基因長(zhǎng)度genelength
# 下載gtf：選擇的是ensembl的GRCh38.94.gtf： 下載地址：ftp://ftp.ensembl.org/pub/releas...
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hisat2:比對(duì)基因組工具簡(jiǎn)介-轉(zhuǎn)載原文鏈接：hisat2:比對(duì)基因組工具簡(jiǎn)介_(kāi)生信修煉手冊(cè)_傳送門 由于測(cè)序儀機(jī)器讀長(zhǎng)的限制，在構(gòu)建文庫(kù)的過(guò)程中首先需要將DNA片段化，測(cè)序得到的...
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轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)戰(zhàn)第一節(jié)：Rawdata的質(zhì)量控制與清理在轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)拿到后，公司一般會(huì)給我們一個(gè)Rawdata和Cleandata 如果喜歡折騰的可以直接拿著Rawdata進(jìn)行一下數(shù)據(jù)清理后再進(jìn)行后期...
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生物信息入門-1 硬件的準(zhǔn)備
原創(chuàng)文章，任何形式的轉(zhuǎn)載請(qǐng)與作者聯(lián)系！ 對(duì)于生物學(xué)研究而言，目前測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用已非常廣泛，是解析作用機(jī)制的有效利器。 對(duì)于初入生物信息學(xué)的童鞋們...
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