參考這篇ID轉(zhuǎn)換不用怕，clusterProfiler幫你忙這篇詳細(xì)講了無參考基因組該怎么辦，值得一看 簡單介紹一下幾種常用的ID：Ensemb...
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R包clusterProfiler: 轉(zhuǎn)換ID、GO/KEGG富集分析 -
UpSetR：集合可視化神包對于集合的可視化，第一時間想到的都是韋恩圖（venn diagram），一般集合不超過5個的時候，可視化效果還是不錯的 但是一旦數(shù)據(jù)集增加，比如...
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第一次使用R爬取自己所需要的數(shù)據(jù)打開網(wǎng)站 http://rice.hzau.edu.cn/rice/clone/list.php?page=1&searchword= 1、找規(guī)...
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pheatmap
一、 創(chuàng)建一個隨機矩陣10x20 二、作圖１.基本作圖 scale是指對數(shù)值進(jìn)行均一化處理，在基因表達(dá)量的數(shù)據(jù)中，有些基因表達(dá)量極低，有些基因表...
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簡書筆記匯總
以下是我簡書里所有的文章鏈接，按不同的專題分類，方便大家根據(jù)不同專題以及文章題目快速的查看所需內(nèi)容。 持續(xù)更新中~ Linux學(xué)習(xí)筆記 《Lin...
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ggplot2： 用這種方式添加的參考線，你見過么？前言 ??ggplot2做為R語言中畫圖的包，我想大家應(yīng)該都不陌生，這個包可以解決大部分的畫圖需求。說到繪圖，有時候為了方便了解數(shù)據(jù)的分布，我們...
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如何使用ChromHMM鑒定染色質(zhì)狀態(tài)趁著零碎的時間整理了下ChromHMM的相關(guān)內(nèi)容。 ChromHMM是基于ChIP-seq組蛋白數(shù)據(jù)檢測染色質(zhì)狀態(tài)的工具。 基因組區(qū)域特定的組蛋...
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如何處理NGS數(shù)據(jù)中的污染？
本次文章和大家討論一個大家可能胡遇到很常見的一個問題，在測序中我們很難避免引入一些微生物污染或者人類的污染，例如，我想測序擬南芥，其中由于實驗員...
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【三維基因組】PyGenomeTrack之CHIP峰圖可視化很多時候我們都需要畫chip的峰圖，而pyGenomeTrack（https://pygenometracks.readthedocs.io/e...
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使用pyGenomeTracks繪制表觀展示圖pyGenomeTracks是什么 首先在介紹pyGenomeTracks之前， 先說幾個常用的表觀組學(xué)數(shù)據(jù)展示工具，IGV，UCSC和Wash...
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