因?yàn)橐恢痹诰毷諫WAS分析，所以剛開始Call SNP的時(shí)候是單個(gè)個(gè)體call的，后面就需要把這些不同vcf合并。 琢磨兩天后，發(fā)現(xiàn)bcftoo...
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2020-01-14 如何合并VCF文件
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[vcftools,bcftools]vcf 文件多個(gè)合并用于vcftools 轉(zhuǎn)plink
建立索引，最新版的bcftools 1.11 支持不壓縮排序，不過vcf 中染色體順序要與header中的一致New --no-index wh...
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8. GWAS：親緣關(guān)系——TASSEL&GCTA? 指在非家系群體或系譜不明確的群體中兩特定材料之間的遺傳相似度與任意材料之間的遺傳相似度的相對(duì)值； ? 材料間不平衡的血緣關(guān)系是導(dǎo)致標(biāo)記出現(xiàn)非...
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plink計(jì)算近交系數(shù)
1.提取個(gè)體list bcftools query -l SNP.filtered.vcf > ind.txt 2.計(jì)算近交系數(shù) # 不能有mu...
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ROH、近交系數(shù)、親緣系數(shù)、IBD、IBS連續(xù)純合片段（runs of homozygosity, ROH）是親代將同源相同的單倍型傳遞給子代而形成的，基于ROH計(jì)算的基因組近交系數(shù)是個(gè)...
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2018-11-06 GWAS實(shí)戰(zhàn)（七）plink 進(jìn)階之關(guān)聯(lián)分析這一節(jié)說的是association analysis 也是我們分析單標(biāo)記回歸得到的結(jié)果（P值）的一步，這一步的結(jié)果可以用來與我第一講 聯(lián)合起來，...
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2018-11-05 GWAS實(shí)戰(zhàn)（六）plink 進(jìn)階之主成分分析和群體分層要學(xué)習(xí)這一節(jié)，首先是要學(xué)習(xí)什么是主成分，什么是聚類這個(gè)我一直有點(diǎn)搞混，可以百度谷歌查一查http://www.cnblogs.com/pinar...
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2018-11-02 GWAS實(shí)戰(zhàn)（五）plink 進(jìn)階之?dāng)?shù)據(jù)過濾一條命令
之前講了太多的很細(xì)的數(shù)據(jù)分析和過濾，在實(shí)戰(zhàn)中，一般可以把命令寫在一起。 這張圖片對(duì)比了數(shù)據(jù)summary和數(shù)據(jù)過濾的命令之間的差異。 對(duì)于我們自...
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2018-10-31 GWAS實(shí)戰(zhàn)（三）plink 進(jìn)階之認(rèn)識(shí)常用文件格式學(xué)會(huì)了基本的plink之后，就要開始學(xué)習(xí)了解輸入文件的格式了。詳細(xì)的格式建議看官網(wǎng)因?yàn)橹耙约敖佑|過幾次，這里來個(gè)詳細(xì)的歸總主要認(rèn)識(shí) ped m...
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2018-10-30 GWAS實(shí)戰(zhàn)（二）plink 入門有很多時(shí)候，看網(wǎng)上的教程，不如仔細(xì)閱讀工具的使用說明，我準(zhǔn)備系統(tǒng)學(xué)習(xí)一下plink的用法。 按照官網(wǎng)的教程，下載下來的那個(gè)包里面有example...
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