昨天下午搗鼓了一下宏基因組物種注釋過程(基于nr庫(kù))，現(xiàn)在將整個(gè)流程記錄一下。軟件需求：blast，diamond，taxonkit(安裝自行百...
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宏基因組之物種注釋（基于nr庫(kù)） -
微生物多樣性qiime2分析流程(3) 使用figaro來得到dada2正反向截?cái)鄥?shù)
dada2插件對(duì)原始數(shù)據(jù)paired-end-demux.qza進(jìn)行質(zhì)量過濾需要兩個(gè)參數(shù)，trunc-len-f和trunc-len-r。這個(gè)想...
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快速計(jì)算基因表達(dá)軟件：Salmon我們常見的轉(zhuǎn)錄組表達(dá)分析一般都是將reads比對(duì)至參考基因組或者轉(zhuǎn)錄組上，然后在基因或者轉(zhuǎn)錄本水平上定量表達(dá)豐度。 但最近在做小RNA分析時(shí)卻遇...
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MetaWRAP
手動(dòng)安裝MetaWRAP 依賴軟件安裝--apt安裝 需要手動(dòng)安裝的軟件 安裝完后，添加maxbin和quast軟件的路徑到path安裝Meta...
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PICRUST2安裝及分析PICRUSt2 (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of...
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R可視化：使用R的circlize包繪制樣本-物種豐度關(guān)聯(lián)弦狀圖R作圖-使用circlize繪制樣本物種豐度關(guān)聯(lián)弦狀圖 circlize圖也即是弦圖能較好展示樣本物種豐度關(guān)聯(lián)關(guān)系，先前從lyao222lll博...
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微生物多樣性qiime2分析流程(6) 數(shù)據(jù)可視化分析(上）在之前的幾篇文章里，介紹了如何整合dada2的分析結(jié)果，并且已經(jīng)通過MicrobiotaProcess包轉(zhuǎn)化為了phyloseq對(duì)象，接下來先讓...
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宏基因組怎么分析？
文章分析思路：整體概述——物種組成——功能組成——關(guān)聯(lián)/因果 文章主要結(jié)果描述： 1. 樣本、物種、功能整體內(nèi)容描述 2. 物種組成整體差異和分...
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Qiime2(四) -過濾feature table
. 按代表序列數(shù)量過濾 保留總測(cè)序量大于3條的代表序列： 2. 偶然因素過濾 為了規(guī)避偶然因素，保留至少在2個(gè)樣品本存在的ASV ： 3. 過濾...
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16S測(cè)序分析（三）用LEfSe尋找組間差異細(xì)菌導(dǎo)讀 前面已經(jīng)介紹了獲取菌屬相對(duì)豐度表的方法，以及多樣性分析中的基本概念和計(jì)算方法。接下來將開始介紹一種尋找組間差異細(xì)菌的常用方法LEfSe。L...
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