繼續(xù)上面MetaNeighbor 1的學(xué)習(xí),我們做第二個(gè)測(cè)試數(shù)據(jù),第二組場(chǎng)景的測(cè)試。 ========測(cè)試數(shù)據(jù)2============ 第二個(gè)...
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繼續(xù)上面MetaNeighbor 1的學(xué)習(xí),我們做第二個(gè)測(cè)試數(shù)據(jù),第二組場(chǎng)景的測(cè)試。 ========測(cè)試數(shù)據(jù)2============ 第二個(gè)...
日常瞎掰 ??最近在分析scRNA-seq的數(shù)據(jù),三個(gè)樣本數(shù)據(jù)不大,用Seurat分析真的很香!奈何又要下載公共數(shù)據(jù)的樣本,這樣一搗騰,Seua...
前言 說到對(duì)單細(xì)胞亞群進(jìn)行定義,那對(duì)很多分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)的小伙伴來說都是最頭疼的事情之一了。因?yàn)槎x細(xì)胞的正確與否直接關(guān)系到后續(xù)分析所有結(jié)果的準(zhǔn)確...
我在前面也分享過幾篇關(guān)于WGCNA的帖子,其實(shí)WGCNA本身就是對(duì)基因進(jìn)行了加權(quán)共表達(dá),合理分組的結(jié)果。 如果對(duì)于一個(gè)表達(dá)量矩陣,本身就至于2個(gè)...
這里準(zhǔn)備了一個(gè)文件,是要將這個(gè)文件中的信息plot到umap圖上,文件有3列 今天的目標(biāo)就是: 將第一列barcode plot到umap上 將...
本文的思路是通過單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析識(shí)別了某種免疫細(xì)胞特有的marker基因,然后利用這些基因進(jìn)行預(yù)后模型的構(gòu)建。事實(shí)上,預(yù)后模型的文章已經(jīng)不好發(fā)了,...
一、scRNAseq和Mass cytometry揭示小鼠動(dòng)脈粥樣硬化免疫圖譜 1. Single-Cell Transcriptomes Id...
Seurat依舊是單細(xì)胞分析的利器,也有越來越的的單細(xì)胞分析工具基于python開發(fā)。在數(shù)據(jù)分析時(shí),有時(shí)需要將seurat的結(jié)果遷移到pytho...
Seurat可以利用PercentageFeatureSet計(jì)算線粒體基因比例并添加到meta.data,但是我們?cè)谑褂?sce[["perce...
前言 Immugent在之前的一篇推文:SCPA(一):揭示兩群細(xì)胞通路差異的優(yōu)化流程[https://mp.weixin.qq.com/s?_...