假裝是前言 學(xué)了很久的R，一直也沒啥進(jìn)展，之前一直覺得R不是很容易的東西嗎，復(fù)制粘貼代碼就好了。。emmm，太年輕太年輕。。 我用R的日常就是畫...
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用pheatmap畫熱圖
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用Modules優(yōu)雅地管理你的環(huán)境變量
我管理的基因組學(xué)群里，今天有人提出了這樣一個(gè)問題，如果有多個(gè)版本的BLAST，并且都是用conda安裝，應(yīng)該如何調(diào)用不同版本的BLAST 對(duì)于這...
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wtdbg 組裝基因組
關(guān)鍵詞：pacbio; nanopore; assemble wtdbg相較于其他三代四代數(shù)據(jù)組裝軟件（Canu，smartdenovo，min...
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都8102年了，還用fastq-dump，快換fasterq-dump吧之前寫過一篇文章Fastq-dump: 一個(gè)神奇的軟件[http://www.itdecent.cn/p/a8d70b66794c]， 詳細(xì)介...
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通過Kmer分布評(píng)估基因組大小—————— 持續(xù)更新 關(guān)鍵詞：Genome Size Estimation; Kmer 一.Kmer評(píng)估法簡(jiǎn)介 假如有一批二代或三代基因組測(cè)序...
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GTF/GFF文件的差異及其相互轉(zhuǎn)換我們?cè)谧錾锓治龅臅r(shí)候，經(jīng)常會(huì)碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注釋文件。他們有著相似的名字，甚至連內(nèi)容都極為相似~那么，他們究竟差在哪里呢？...
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JELLYFISH簡(jiǎn)介及使用
軟件簡(jiǎn)介 功能 統(tǒng)計(jì)并篩選DNA序列中k-mers的數(shù)目，輸出的結(jié)果為二進(jìn)制文件，能夠使用jellyfish dump轉(zhuǎn)換成文本文件。 最終得到...
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高通量測(cè)序基礎(chǔ)知識(shí)簡(jiǎn)介什么是高通量測(cè)序？ 高通量測(cè)序技術(shù)（High-throughput sequencing，HTS）是對(duì)傳統(tǒng)Sanger測(cè)序（稱為一代測(cè)序技術(shù)）革...
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高通量測(cè)序領(lǐng)域常用名詞解釋【轉(zhuǎn)】
作為一個(gè)已經(jīng)在生物信息行業(yè)摸爬兩年的小白，還是有必要重新認(rèn)識(shí)一下高通量測(cè)序領(lǐng)域的一些常用名詞。什么是高通量測(cè)序？高通量測(cè)序技術(shù)（High-thr...
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純二代測(cè)序從頭組裝基因組基因組組裝 基因組組裝一般分為三個(gè)層次，contig, scaffold和chromosomes. contig表示從大規(guī)模測(cè)序得到的短讀(re...
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