傾向性評(píng)分匹配（propensity score matching, PSM）主要是在隨機(jī)對(duì)照試驗(yàn)(Randomized controlled ...
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傾向性評(píng)分匹配完整實(shí)例（R實(shí)現(xiàn)） -
隨機(jī)森林分析第一波隨機(jī)森林分析在宏基因組數(shù)據(jù)分析中還是蠻常見(jiàn)的，所以這里整理一個(gè)常規(guī)的分析案例 1 | 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 1.1 菌群數(shù)據(jù) 1.2 樣品信息數(shù)據(jù) 2 | ...
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用隨機(jī)森林算法進(jìn)一步篩選差異表達(dá)基因前言 很多時(shí)候，我們分析完差異表達(dá)基因后，發(fā)現(xiàn)會(huì)得到一大堆差異基因，常見(jiàn)的做法有降低Pvalue的閾值，挑選fold-change最大的基因，做...
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「r<-包」使用 ezcox 展示森林圖我之前寫(xiě)過(guò)一篇文章介紹最近寫(xiě)的一個(gè)包 ezcox，它可以用來(lái)進(jìn)行批量處理 Cox 模型（支持并行計(jì)算）。那個(gè)時(shí)候我已經(jīng)關(guān)注到了 forestmo...
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mlr案例：回歸
原英文地址：https://mlr.mlr-org.com/articles/tutorial/usecase_regression.html ...
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SMOTE算法
SMOTE（Synthetic Minority Oversampling Technique），合成少數(shù)類(lèi)過(guò)采樣技術(shù)．它是基于隨機(jī)過(guò)采樣算法的...
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2 SVM（支持向量機(jī)法）vs 線性回歸+ROC曲線step1 線性回歸ROC與AUC的實(shí)現(xiàn) 這是計(jì)算affair的一個(gè)數(shù)據(jù)集 step2 繪圖強(qiáng)大的一個(gè)包——pROC 雖然ROCR包可以滿足我們...
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機(jī)器學(xué)習(xí)：常用模型評(píng)估指標(biāo)在機(jī)器學(xué)習(xí)建模過(guò)程中，針對(duì)不同的問(wèn)題，需采用不同的模型評(píng)估指標(biāo)。 一、分類(lèi)模型評(píng)估指標(biāo)： 1、混淆矩陣（Confusion Matrix） 2、...
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TMB(腫瘤突變負(fù)荷) panel基因篩選TMB背景知識(shí)介紹 免疫療法是近年來(lái)腫瘤治療的熱點(diǎn)，腫瘤突變負(fù)荷(Tumor Mutational Burden，TMB)可以作為免疫療法的bi...
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機(jī)器學(xué)習(xí)幫助識(shí)別乳腺癌診斷和分子分型的生物標(biāo)記物
摘要： 乳腺癌是一種復(fù)雜的疾病，其有效治療需要負(fù)擔(dān)得起的診斷和分型特征。雖然機(jī)器學(xué)習(xí)方法在臨床計(jì)算生物學(xué)中的使用仍處于起步階段，但鑒定分子生物標(biāo)...
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