將經(jīng)過過濾后得到的高質(zhì)量數(shù)據(jù)比對(duì)到參考基因組上，并進(jìn)行排序和去重復(fù)等處理，用于后續(xù)的變異檢測(cè)。 軟件準(zhǔn)備 bwasamtoolspicard 文...
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重測(cè)序分析（3）比對(duì)到參考基因組
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全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)protocol全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-wide association study，GWAS）是應(yīng)用基因組中數(shù)以百萬級(jí)別的單核苷酸多樣性（Single...
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基因組重測(cè)序SNP_calling1 介紹 基因組重測(cè)序是對(duì)已知基因組序列的物種進(jìn)行不同個(gè)體的基因組測(cè)序，并在此基礎(chǔ)上對(duì)個(gè)體或群體進(jìn)行差異性分析。 基于全基因組重測(cè)序技術(shù)，人們期...
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從零開始完整學(xué)習(xí)全基因組測(cè)序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第4節(jié) 構(gòu)建WGS主流程這篇文章很長(zhǎng)，超過1萬字，是本系列中最重要的一篇，因?yàn)槲也⒎侵皇窃诤?jiǎn)單地告訴大家?guī)讞l硬邦邦的操作命令。對(duì)于新手而言不建議碎片時(shí)間閱讀，對(duì)于有一定...
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全基因組重測(cè)序流程【超細(xì)致！！】
自己在研究生的第一個(gè)項(xiàng)目就是處理重測(cè)序數(shù)據(jù)，在做的過程中參考了很多資料，現(xiàn)在把整個(gè)重測(cè)序的上游分析流程分享給大家，一些關(guān)鍵環(huán)節(jié)已經(jīng)幫大家踩過坑了...
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snpEff構(gòu)建物種數(shù)據(jù)庫(kù)及完成vcf變異文件注釋
1. 如果在沒有jdk12的conda下安裝snpeff，會(huì)報(bào)錯(cuò) 解決方法（針對(duì)非root用戶） 參考：https://www.jianshu....
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基因組數(shù)據(jù)的定向和填充（Phasing and Imputation）
基礎(chǔ)概念 Phasing，基因定相/基因分型/單倍體分型：將二倍體or多倍體基因組上的等位基因，按照其親本正確定位到父親or母親的染色體上，最終...
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2021-01-05重測(cè)序數(shù)據(jù)call SNP 流程
bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程[http://www.itdecent.cn/p/938d...
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GATK 4.1.7.0 call SNP
GATK4.0之后和之前的版本存在較大差異，因此需要使用特定版本來call變異時(shí)需要有較大的改動(dòng)，call變異的過程更趨向于流程化。 首先是軟件...
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轉(zhuǎn)錄組--STAR比對(duì)（可用于差異分析、可變剪接分析和call_SNP）
1 建索引 2 比對(duì)(若用于GATK，可不排序輸出sam文件) 1)常規(guī)比對(duì)（一次2個(gè)吧, 用于差異分析） 2-pass模式（用于RNA數(shù)據(jù)的G...
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