一句話評價：重復序列注釋用EDTA就完事了。 簡介 EDTA, 全稱是 Extensive de-novo TE Annotator, 一個綜合...
投稿
收錄了18篇文章 · 1人關注
-
使用EDTA進行TE注釋
-
如何對基因組序列進行注釋基因組組裝完成后，或者是完成了草圖，就不可避免遇到一個問題，需要對基因組序列進行注釋。注釋之前首先得構建基因模型，有三種策略： 從頭注釋(de ...
-
用singularity來管理軟件
背景 生物信息中的分析流程往往需要消耗很大的內(nèi)存，讀寫以TB計算的數(shù)據(jù)，屬于典型的高性能計算(HPC)應用。生信分析流程中要調(diào)用大量的分析程序以...
-
利用Juicer v2.0掛載染色體
最近在搞基因組，前面contig的組裝難度不大，用wtdbg2、raven、mecat2、flye等組裝就可以了。 組裝完畢后，contig掛載...
-
「基因組注釋」構建重復序列數(shù)據(jù)庫
本文參考自Repeat Library Construction-Advanced，整體思路一致，但是所用軟件有所不同。 流程主要分析MITE和...
-
【基因組注釋】RepeatMasker和RepeatModeler安裝、配置與運行避坑1.conda安裝 conda安裝雖然簡單，但還是有很多坑，而且很多都是隱形的坑。 repeatmodeler依賴于repeatmasker，因...
-
【基因組注釋】同源注釋比對軟件tblastn、gamp和exonerate比較
基因結構預測中同源注釋策略，將mRNA、cDNA、蛋白、EST等序列比對到組裝的基因組中，在文章中通常使用以下比對軟件： tblastn gam...
-
基因組注釋--重復序列注釋（一）：Trf軟件安裝與使用
前言 動植物基因組注釋包括重復序列注釋以及基因結構注釋，重復序列注釋是注釋中非常重要的環(huán)節(jié)，主要包括的軟件有Trf、LTR_Finder、P...
-
【基因組預測】braker2基因結構注釋要點記錄記錄下braker2的使用要點，以備忘記。 流程使用 braker2有很多流程，根據(jù)你的數(shù)據(jù)：組裝的基因組、轉錄組、蛋白（同源，包括近緣或遠緣）...
-
2020-05-26 PASA 基因組結構注釋（debugging）
PASA 安裝perl 模塊GD DBD::myqcl 1.利用cpan or cpanm安裝總提示報錯，未解決 再次利用yum install...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1998794/crop1667003294642.jpg', '推薦專題《結構注釋》（ 分享自 @簡書 ）','http://www.itdecent.cn/c/aa743085cab5?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁面編碼gb2312|utf-8默認gb2312'));){kind=link}