將原始fq文件通過FastQC-align-samtools||GATK等流程最終得到vcf文件，也就是記錄某些位點變異的文本文件。但只是通過看...
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用annovar對vcf（SNP&INDEL）文件進行注釋
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WGD（全基因組復(fù)制）分析——Ka/Ks及4Dtv值計算一、4Dtv（四倍簡并位點顛換率）的定義 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative)...
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基因組測序數(shù)據(jù)的處理和分析流程
第一步，測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量檢查。測序的原始數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)文件為fastq格式，是原始圖像數(shù)據(jù)文件堿基識別轉(zhuǎn)化得來，通常稱為 raw reads。fast...
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把基因畫在染色體上之前有一次，我導(dǎo)說“能不能把這些基因按順序畫在果蠅的染色體上”，因此，我尋找了一些實現(xiàn)這個需求的方法。經(jīng)過一番奇奇怪怪的操作之后，最終用ggpl...
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MCScanX使用小記一篇不知道拖了多久的筆記……欠下的債早晚還是要還的…… 0.軟件下載及安裝 官網(wǎng)： http://chibba.pgml.uga.edu/mcs...
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「生信」共線性分析——MCScanX目錄MCScanX下載及安裝數(shù)據(jù)準(zhǔn)備MCScanX運行及結(jié)果Ka & Ks 計算下游畫圖腳本最后 MCScanX有兩個主要的功能, 一是, 方便...
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TBtools物種間共線性分析使用教程首先非常感謝CJ老師開發(fā)的TBtools工具，給生信分析帶來了極大的便利，詳細內(nèi)容介紹請參考http://www.itdecent.cn/p/...
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零基礎(chǔ)多物種間共線性分析首先非常感謝Cj大神開發(fā)出來的TBtools生信工具，為生信分析做圖帶來了極大的便利。作為生信小白，在做多物種間共線性分析時，嘗試了多種方法，苦...
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