轉(zhuǎn)載GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)踐（下） 原創(chuàng)：礦工堿基礦工2018-03-23 前言 在上一篇文章中我已經(jīng)用例子仔細(xì)跟大家分享了WGS從...
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GATK4.0-vqsr
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群體進(jìn)化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱之為史上最全基因流（也稱基因遷移）是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫(kù)”的組成。通過(guò)基因交流向群體中引入新的等位基因，...
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測(cè)序了，然后呢（四）有了OrgDb才能進(jìn)行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每個(gè)基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類，OrgDb就是存儲(chǔ)不同數(shù)據(jù)庫(kù)基因...
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【比較基因組】基因家族擴(kuò)張與收縮---CAFE篇====環(huán)境和測(cè)試數(shù)據(jù)準(zhǔn)備===== 需要先安裝OrthoFinder，這個(gè)參考前面一個(gè)帖子。然后今天我們主要來(lái)測(cè)試CAFE。 安裝也比較簡(jiǎn)單：...
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【基因組學(xué)工具】變異注釋SnpEff
寫在前面在進(jìn)行基因組學(xué)研究中，總避免不了對(duì)一些SNP和Indel進(jìn)行分析，如何去注釋它們的，就需要用到SnpEff，SnpEff是一個(gè)變異注釋和...
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群體遺傳學(xué)親緣關(guān)系分析親緣關(guān)系分析實(shí)操 前期準(zhǔn)備 給標(biāo)記加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈現(xiàn)，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各個(gè)SNP位點(diǎn)的ID...
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6. GWAS：主成分分析——GCTA利用協(xié)方差矩陣，特征值和特征向量將高緯變量投影到數(shù)個(gè)低維變量的過(guò)程； PCA分析的過(guò)程就是從千萬(wàn)級(jí)別的SNP位點(diǎn)中提取關(guān)鍵信息，以便使用更少的變...
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admixture 群體結(jié)構(gòu)分析
tructure是與PCA、進(jìn)化樹(shù)相似的方法，就是利用分子標(biāo)記的基因型信息對(duì)一組樣本進(jìn)行分類，分子標(biāo)記可以是SNP、indel、SSR。相比于P...
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VCF文件格式解析
VCF文件全稱為Variant Call Format，表示基因組的變異信息，通常為GATK和Samtools軟件處理所得到。VCF文件大致可以...
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VCF格式的學(xué)習(xí)及對(duì)VCF文件的統(tǒng)計(jì)
部分摘自# VincentLuo91的博客 Part 1 VCF格式的學(xué)習(xí) 1.什么是vcf？VCF是用于描述SNP，INDEL和SV結(jié)果的文本...
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