上期給大家介紹了NCBI、Ensembl 這2個(gè)主流的查找基因組的數(shù)據(jù)庫，其中收錄的物種廣泛（植物、動(dòng)物、微生物），是我們查找物種基因組最常用數(shù)...
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干貨|10種重要作物基因組數(shù)據(jù)庫 -
基于orthofinder 結(jié)果構(gòu)建物種樹
串聯(lián)法 orthofinder 已經(jīng)生成好單拷貝基因串聯(lián)的序列，可以直接使用。找到orthofinder 已經(jīng)生成好單拷貝基因串聯(lián)的序列，Spe...
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比較基因組分析-數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
比較基因組分析，首先需要選定要比較的物種，然后下載這些物種的基因組數(shù)據(jù)。 基因組數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備1.基因結(jié)構(gòu)注釋文件， gff/gtf格式2....
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物種進(jìn)化樹構(gòu)建
使用單拷貝基因畫物種進(jìn)化樹 所需軟件： 步驟： python 腳本更改物種蛋白序列的ID 2)更改各個(gè)物種蛋白庫文件的名字，與序列ID的名字前半...
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2023-01-09 用GenomicFeatures包計(jì)算基因長度本文包括內(nèi)容： 1. 基因長度定義 非冗余外顯子(EXON)長度之和;挑選基因的最長轉(zhuǎn)錄本 ;選取多個(gè)轉(zhuǎn)錄本長度的平均值;非冗余 CDS 長度之...
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【R畫圖學(xué)習(xí)22.1】進(jìn)化樹和氣泡組合圖今天學(xué)習(xí)繪制下面這個(gè)paper里面的一個(gè)圖。 從圖中，可以看出，圖片分成2個(gè)部分，左邊是進(jìn)化樹，右邊是類似氣泡圖。 下面我們用一組簡單的文件進(jìn)行...
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基因組survey背景 基因組測序現(xiàn)在已經(jīng)成為生物學(xué)研究的一個(gè)重要手段，基因組的雜合度和重復(fù)序列對后續(xù)基因組組裝有很大的影響。高雜合的基因組往往無法合并姊妹染色體...
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一套比較簡便的基因組組裝流程V2.0
之前寫過 一套比較簡便的基因組組裝流程[http://www.itdecent.cn/p/a736b1b4b188]，時(shí)間快2年了，現(xiàn)在新技術(shù)...
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比較基因組學(xué)的研究內(nèi)容
定義：在基因組序列信息已知的基礎(chǔ)上，對已知基因和基因的結(jié)構(gòu)進(jìn)行比較，了解基因的功能，表達(dá)調(diào)控機(jī)制和物種進(jìn)化過程（簡單來說就是拿組裝好的基因組做比...
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線粒體基因組的組裝和注釋（MitoFinder ）
之前有過用二代測序的數(shù)據(jù)組裝植物葉綠體基因組昆蟲線粒體的經(jīng)歷，用的是單位的超算（Linux系統(tǒng)）。 這里的二代測序數(shù)據(jù)是全基因組的淺層測序數(shù)據(jù)，...
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