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生信入門第十二課：用Cytoscape繪制PPI網(wǎng)絡(luò)圖并使用cytohubba識(shí)別hub基因 -
Cytoscape可視化相關(guān)性結(jié)果兩個(gè)指標(biāo)的相關(guān)性表示方法很多，此處介紹Cytoscape軟件可視化相關(guān)性結(jié)果的步驟。這里展示基因與轉(zhuǎn)錄因子的相關(guān)性結(jié)果。 先看成圖 步驟1.計(jì)算...
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Cytoscape + STRING + cytoHubba 聯(lián)合使用尋找hub基因今天是不用學(xué)代碼利用生信軟件聯(lián)合“點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)”就可以取得hub基因的“白癡”實(shí)操，趕快點(diǎn)起來～ Hub基因（關(guān)鍵基因）是在生物學(xué)過程中發(fā)揮重要作用的...
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Cytoscape 3.10版軟件安裝插件的三個(gè)辦法
Cytoscape 3.10版軟件安裝插件的三個(gè)辦法： 使用老版本。Cytoscape 3.9版本或更低，軟件自帶安裝商店可以正常使用，網(wǎng)上教程...
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在線計(jì)算lncRNA-mRNA共表達(dá)相關(guān)系數(shù)，繪共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖長(zhǎng)鏈非編碼RNA(Long noncoding RNA)是一類長(zhǎng)度大于200 nt，不編碼蛋白質(zhì)的RNA。LncRNA的功能多樣，如圖1所示，A...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建在得到我們感興趣的基因集后，除了對(duì)其進(jìn)行GO等富集分析查看與什么重要的生物學(xué)通路相關(guān)，還可以進(jìn)行PPI蛋白互作網(wǎng)絡(luò)（PPI, Protein-P...
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PPI網(wǎng)絡(luò)實(shí)戰(zhàn)：String+CytoScape+MCODE插件上傳DEGs gene_list到String 調(diào)整分析參數(shù) 然后下載tsv文件 同時(shí)下載圖片 將前兩列導(dǎo)入到cytoscape 導(dǎo)入到cyto...
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STRINGdb | 交互式可視化蛋白網(wǎng)絡(luò)互作
在STRING數(shù)據(jù)庫中提交基因，獲取PPI網(wǎng)絡(luò)是比較常規(guī)的操作，包括下游使用cytoscape進(jìn)行美化和hub網(wǎng)絡(luò)的提取，但過程還是比較麻煩，本...
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Cytoscape
1. 官網(wǎng) https://cytoscape.org/index.html[https://cytoscape.org/index.html]...
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2023-02-14轉(zhuǎn)錄組-構(gòu)建TF與DGEs的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系調(diào)控圖我們通過轉(zhuǎn)錄組分析能夠得到許多的差異基因，這些差異基因里包含大量的轉(zhuǎn)錄因子。所以，我們就想去查看轉(zhuǎn)錄因子與差異基因的調(diào)控關(guān)系，并將這種關(guān)系進(jìn)行可...
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