cellranger更新到6.0啦（全新使用教程）[http://www.itdecent.cn/p/5dca72a194b3]CellRan...
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cellranger 6.0
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單細胞10X代碼學習1.VlnPlot 2.過濾 矩陣隨機抽樣 求比例 求每個基因在細胞中的比例 top50高表達的基因 挑選顏色 多個圖放一張 多個分辨率之間關(guān)系...
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cellranger實戰(zhàn)2：非正常數(shù)據(jù)之僅有bam文件我所理解的cellranger軟件理想原始輸入數(shù)據(jù)就是SRA格式，然后利用sra-tools分為read、barcode+UMI、index三個...
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（一文讀懂scRNA-Seq）到底要花多久時間才能看懂一套單細胞測序數(shù)據(jù)結(jié)果？先說我的態(tài)度。 最快的捷徑就是沒有捷徑，踏踏實實搞學問 我一直相信慢工出細活（當然我寫推文都不怎么想回頭檢查錯別字），要學習什么東西，穩(wěn)扎穩(wěn)打才...
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【單細胞轉(zhuǎn)錄組 實戰(zhàn)】二、上游分析SMART-SEQ2特點：基因數(shù)量還行，細胞數(shù)量不太多。 這里是佳奧！讓我們開始吧！ 從下載文章數(shù)據(jù)開始。SRA是測序數(shù)據(jù)下載，Suppleme...
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【單細胞轉(zhuǎn)錄組 實戰(zhàn)】一、背景知識這里是佳奧！終于到了單細胞篇章，這將會是一個很長的系列，先前我們學習了R，shell腳本以及轉(zhuǎn)錄組分析，有了這些基礎(chǔ)我們開始單細胞轉(zhuǎn)錄組的學習。...
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CellRanger原理0. 概述 Cell Ranger 是 10X genomics 官方提供的一套針對單細胞 RNA 測序輸出結(jié)果進行比對、定量、聚類及基因表達分...
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比對軟件STAR的使用
在之前的學習和練習里，比對這一步我使用過bowtie2（DNA比對）和hisat2（RNA-seq比對），現(xiàn)在學習另一個很火的軟件：STAR。S...
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單細胞分析---擬南芥例子初體驗因為我是主要做植物的，所以先找了個擬南芥的例子（A single-cell RNA sequencing profiles the develo...
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單細胞分析seurat包學習筆記1本文參考Satija Lab的seurat 包，網(wǎng)址https://satijalab.org/seurat 設(shè)置Seurat對象 在本教程中，...
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