文獻(xiàn)信息：標(biāo)題：NetCoMi: Network Construction and Comparison for Microbiome Data...
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預(yù)印 | R NetCoMi：利用微生物組數(shù)據(jù)構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)和比較網(wǎng)絡(luò) -
網(wǎng)絡(luò)中關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)的識別
最近半年一直在嘗試從復(fù)雜的關(guān)系網(wǎng)絡(luò)中，挖掘可能從事某種惡意的團(tuán)伙，比如在交易數(shù)據(jù)中挖掘潛在可疑交易的詐騙團(tuán)伙等。在對全網(wǎng)的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)分團(tuán)后，面臨一...
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快捷查找KEGG里的通路和基因
需求 1.快捷查找ID對應(yīng)的description，知道通路對應(yīng)的編號是多少。2.找出某一個/幾個通路里的全部基因，用來做單獨(dú)的下游分析。 如果...
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一種ceRNA關(guān)系網(wǎng)絡(luò)的新穎畫法，R語言繪制沖擊圖（?；鶊D）教程在ceRNA相關(guān)的研究中，例如circRNA-miRNA-mRNA，或者lncRNA-miRNA-mRNA的靶向關(guān)系圖譜，一般通過網(wǎng)絡(luò)圖呈現(xiàn)。首...
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微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié)：從fastq測序數(shù)據(jù)到OTU table筆記內(nèi)容：由二代測序產(chǎn)生的序列數(shù)據(jù)（fastq格式）到物種豐度的OTU table， 樣本群落距離矩陣，物種多樣性指數(shù)，序列的進(jìn)化樹及物種注釋信...
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宏基因組功能注釋（以COG為例）Contigs/Scaffolds序列經(jīng)基因預(yù)測、ORF開放閱讀框識別（Open Reading fr ame）和蛋白翻譯之后，就可以進(jìn)行功能注...
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一文極速讀懂 Gene Ontology （GO）數(shù)據(jù)庫一、介紹 官方：基因本體（GO）知識庫是有關(guān)基因功能的全球最大信息來源。 這些知識既是人類可讀的，也是機(jī)器可讀的，并且是生物醫(yī)學(xué)研究中大規(guī)模分子...
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使用cd-hit對蛋白質(zhì)或核酸序列進(jìn)行聚類
2018.9.7 星期四 多云 biolearn cd-hit 是用于蛋白質(zhì)序列或核酸序列聚類的工具，根據(jù)序列的相似度對序列進(jìn)行聚類以去除...
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2018-08-20 Metagenome分析教程
前言 之前看panda姐的blog時，發(fā)現(xiàn)介紹了篇關(guān)于Metagenome的分析教程，剛好就想著試著翻譯下，作為我的第一篇文章，順帶練練我Mar...
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idba_ud-序列拼接組裝（2018-05-24）拼接的思路大體可以分為兩種：一種叫做Overgap,一種是debrujin,前者是根據(jù)兩條read序列前后部分的重疊來拼接，適用于一代測序的結(jié)果...
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