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【HiC】繪制TAD邊界強(qiáng)度背景 經(jīng)常在HiC文章中看到TAD邊界強(qiáng)度變化圖，大體上可以反映TAD之間隔絕情況,絕緣系數(shù)越低，TAD之間交互越弱。如下圖： 畫圖的方法： 有...
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【HiC】數(shù)據(jù)如何選擇合適分辨率？
參考： 比如原位HiC，DLO-HiC 實(shí)驗(yàn)流程不同，reads利用率存在差別。但是你的數(shù)據(jù)量適合多大分辨率，是否滿足TAD(40Kb)，Loo...
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【Hi-C】交互頻率與距離衰減曲線繪制參考： 發(fā)現(xiàn)AB區(qū)室 09 science Comprehensive mapping of long range interactions r...
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AB區(qū)室計(jì)算【juicer/homer】
Tips： 目前主流的計(jì)算AB區(qū)室工具: juicer/homer/cworld juicer: 第一篇HiC文章實(shí)驗(yàn)室提供的工具,計(jì)算多個(gè)分辨...
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HiNT&hic_breakfinder檢測HiC數(shù)據(jù)中染色體易位參考： 1.HiNT : 只能針對(duì)剪切酶：DpnII,MboI,HindIII ；發(fā)表于Genome Biology HiNT: a compu...
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HiCTrans 檢測Hi-C數(shù)據(jù)中染色體易位參考： hic_breakfinder ，HiNT，HiCtransNature Genetics|多種測序手段系統(tǒng)鑒定基因組SVNature ...
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【3D 文獻(xiàn)/資料 收集】
HiC 1.Hi-C分析工具比較 2.Hi-C中兩種TAD檢測方法 3.HiC工具匯總 4.Dixon &Renbin 2012 HMM /DI...
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3D Genome可視化工具
3D Genome 可視化工具 可視化工具介紹 4D nucleome （http://www.4dnucleome.org/）項(xiàng)目挺有意思的，...
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Hi-C文庫數(shù)據(jù)質(zhì)控及解讀
來源： 三維基因組Magic [三維基因組Magic](javascript:void(0);) 2017-11-29 Hi-C文庫數(shù)據(jù)質(zhì)控及解...