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Seurat：計(jì)算cluster的細(xì)胞比例和繪制堆疊條形圖
計(jì)算各個(gè)cluster的細(xì)胞數(shù)； table(Idents(pbmc)) 定義對(duì)應(yīng)每個(gè)cluster對(duì)應(yīng)的細(xì)胞類型，也可將ident改為相應(yīng)的細(xì)...
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Seurat （v3.0）object的結(jié)構(gòu)組成assay的slots主要有6個(gè)： counts：主要是 counts或者TPKM的raw data，未經(jīng)normalized data：是經(jīng)過(guò)...
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如何將Seurat3.0版本的object轉(zhuǎn)換為monocle的CDS
之前Monocle2直接輸入Seurat object只適用于Seuratv2.0版本的Seurat object。官方也在github上的is...
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找出cluster的差異基因并進(jìn)行GO和KEGG分析
單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)經(jīng)Seurat包tsne降維聚類后，得到cluster，如何找出cluster的marker并進(jìn)行GO、KEGG分析 需要R包：S...
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R包Seurat instruction3 聚類分析1.聚類細(xì)胞 將細(xì)胞嵌入到圖形結(jié)構(gòu)中，如KNN圖形（k-nearest neighbor），繪制相同基因表達(dá)模式的細(xì)胞，嘗試將圖形分成高度互相關(guān)...
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R包Seurat instruction2 主成分分析2019-2-1 來(lái)自Seurat官網(wǎng)https://satijalab.org/seurat/ 主成分分析 1.進(jìn)行降維分析 用上一步縮放的數(shù)...
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用Seurat移除細(xì)胞周期的影響
如何用Seurat去除細(xì)胞周期對(duì)下游分析的影響? 首先，我們基于G2/M和S期的標(biāo)志物表達(dá)給每個(gè)細(xì)胞賦值評(píng)分。這些標(biāo)志物集合與他們的表達(dá)水平應(yīng)當(dāng)...
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R包Seurat instruction1數(shù)據(jù)處理
2019-2-1 來(lái)自https://satijalab.org/seurat/ 1.啟動(dòng)Seurat library（Seurat） libr...
