前言
scRNA-seq越來越成為一種常規(guī)測序內(nèi)容，最近正好分析一些scRNA-seq的數(shù)據(jù)，把分析過程記錄下來，便于后續(xù)再次使用。
對于走過的坑也進行記錄，后續(xù)便于解決問題。
本貼涉及的腳本運行環(huán)境包括linux及windows，軟件涉及conda、R、python和docker。
本貼持續(xù)更新，隨時更新記錄新的分析方法和內(nèi)容。
有什么寶貴建議，請留言交流，不勝感激！
目錄
1 軟件安裝及環(huán)境搭建
本文依賴的軟件如下：
Linux: Anaconda (搭建分析環(huán)境，安裝相應(yīng)的軟件)
Windows: RStudio（運行R便于演示和修改）、Spyder（運行python便于演示和修改）、Docker（R包dyno依賴Docker）
R (version 4.3.0)及Rtools43 for Windows
Cell Ranger v7.0
相應(yīng)的python模塊和R包安裝在正文中展示。
2 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控（fastp）
3 測序數(shù)據(jù)比對 (cellranger)
4 數(shù)據(jù)過濾
5 數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化（normalization）
6 細(xì)胞周期回歸分析（cell cycle scoring and regression）
7 數(shù)據(jù)歸一化（scale）
8 降維及聚類分析（PCA，UMAP及tSNE）
9 去除doublets (DoubletFinder)
10 找cluster Biomarkers
11 鑒定細(xì)胞類型(cell type)
12 偽時間分析（Pseudotime）
13 速率分析（RNA velocity）
正文
1 軟件安裝及環(huán)境搭建
數(shù)據(jù)分析開始前，先搭建分析環(huán)境并把該安裝的軟件安裝完成。
本文在linux系統(tǒng)上基于conda進行環(huán)境搭建和軟件安裝。
#下載conda（版本可能隨時變，請查閱官網(wǎng)）
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2023.03-1-Linux-x86_64.sh
#安裝conda
bash ./Anaconda3-2023.03-1-Linux-x86_64.sh
#創(chuàng)建分析環(huán)境
conda create -n scRNAseq r-base=4.3.0 python=3.10 fastp
#激活分析環(huán)境
conda activate scRNAseq
