導(dǎo)讀：在聚類熱圖中，除了顏色編碼外，添加文本信息可以提供更精確的數(shù)據(jù)解釋。例如直接在熱圖的方塊內(nèi)標(biāo)注p值顯著性，從而使得數(shù)據(jù)的顯著性水平一目了然，有助于研究者更快速、準(zhǔn)確地理解數(shù)據(jù)背后的含義。

《Cancer Cell》文章“CCL19-producing fibroblasts promote tertiary lymphoid structure formation enhancing anti-tumor IgG response in colorectal cancer liver metastasis”fig 2G的熱圖以一種比顏色更加精確的方式展示了scRNA-seq結(jié)果中，各種免疫細(xì)胞亞型（行）在不同組織（列）中的分布情況。添加的Ro/e?表示觀測(cè)細(xì)胞數(shù)/期望細(xì)胞數(shù)（ratio of observed to expected cell number)。其中，+++表示>1，++表示(0.8,1]，+表示[0.2,0.8]，+/-表示(0,0.2)，-表示0。

1，打開作圖URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_cluster_heatmap_with_labels_plot_249

2，示例數(shù)據(jù)

點(diǎn)擊圖片上方的示例數(shù)據(jù)，下載，并使用excel打開。

示例數(shù)據(jù)包括兩部分。

第1部分是熱圖數(shù)據(jù)：行是基因，列是樣品，行列交叉處為數(shù)值。

第2部分是標(biāo)注數(shù)據(jù)：行是基因，列是樣品，行列交叉處為待標(biāo)注的文字，可以是任意鍵盤可以打出來的英文字母或者符號(hào)，例如*，!，$等，不標(biāo)注的地方以NA表示。

注：兩部分?jǐn)?shù)據(jù)的首行和首列必須完全一樣，即：除了將表達(dá)數(shù)據(jù)的數(shù)值換成待標(biāo)注的文字外，其他完全一樣。

3，輸入檢查

示例數(shù)據(jù)：點(diǎn)擊輸入框下面的“示例”按鈕，將載入示例數(shù)據(jù)。

真實(shí)數(shù)據(jù)：數(shù)據(jù)放在excel中，調(diào)整好后，Ctrl+A選中數(shù)據(jù)，Ctrl+C拷貝，Ctrl+V將數(shù)據(jù)粘貼到輸入框中。

然后使用輸入框下面的“輸入檢查”按鈕先對(duì)輸入數(shù)據(jù)進(jìn)行檢查。若檢查不通過，請(qǐng)根據(jù)檢查提示重復(fù)【修改-輸入檢查】步驟，直到檢查通過（如下圖所示），然后可以繼續(xù)選擇其他參數(shù)。

注：輸入檢查是新添加的功能，它會(huì)根據(jù)不同模塊的輸入要求，逐行逐列檢查輸入數(shù)據(jù)，并給出提示，以確保數(shù)據(jù)符合模塊輸入要求。

4，選擇參數(shù)

圖片大小

圖片寬度，高度

熱圖小矩陣的寬度和高度，若將小矩形的高度和寬度設(shè)置為一樣，則以正方形的形式展示，這在基因和樣品數(shù)相差不大的情況下可能更加美觀

字體大小

行名字字體大?。夯蛎淖煮w大小

列名字字體大?。簶悠访淖煮w大小

Colorbar字體大?。罕硎绢伾臄?shù)值的字體大小

矩形上標(biāo)注文字字體大?。簶?biāo)注的文字的字體大小

顏色

低顏色，中顏色和高顏色分別對(duì)應(yīng)數(shù)值低、中、高。若低和中，或者中和高顏色一樣，則僅使用兩種顏色

矩形上標(biāo)注文字顏色：標(biāo)注的文字或者符號(hào)的顏色

顏色數(shù)：越大越平滑

矩形邊顏色

熱圖中小矩形邊框的顏色。若選擇帶顏色，則會(huì)彈出顏色選項(xiàng)

是否切割聚類樹：設(shè)置了行切割和列切割。默認(rèn)數(shù)值1為不切割

Scale：是否對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行z-score轉(zhuǎn)換。兩個(gè)樣品時(shí)，請(qǐng)不要選擇scale，否則出來就是兩種顏色

聚類：分別設(shè)置了行聚類，行不聚類，以及列聚類和列不聚類選項(xiàng)

聚類方法和距離方法：設(shè)置了不同的聚類方法和距離方法。若聚類分不開，可以試試不同的方法組合

Colorbar顏色范圍：colorbar上顏色的數(shù)值breaks。默認(rèn)根據(jù)數(shù)據(jù)自動(dòng)選擇，若填有，則以指定數(shù)值顯示顏色，例如-2,-1,0,1,2則顏色范圍就從(-1.5,1.5)變成了(-2,2)

字體：設(shè)置了期刊雜志中最常用的兩種字體：Times New Roman和Arial

5，提交出圖

檢查通過，并且參數(shù)選好后，點(diǎn)擊“提交”按鈕，約3s后，會(huì)在頁(yè)面上顯示帶文字標(biāo)注的熱圖。我們提供了pdf、svg兩種矢量圖，png、tiff兩種標(biāo)量圖供大家下載使用?？梢允褂胊crobat illustrator等軟件編輯矢量圖，進(jìn)行組圖，調(diào)整文字位置，字體，添加說明等操作，以滿足個(gè)性化需求。

帶cut和邊框顏色的標(biāo)注熱圖

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