總目錄

分子對接1：PyMOL進(jìn)行可視化
分子對接2：Autodock Vina進(jìn)行分子對接
分子對接3：Autodock Vina的結(jié)果用PyMOL進(jìn)行可視化
分子對接4：Autodock4進(jìn)行對接并PyMOL可視化
=================本部分內(nèi)容開始=============
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Autodock4(A4)和Autodock Vina(AV)區(qū)別

看下官方文件
兩者都是Molecular Graphics Lab開發(fā)的，都可以通過AutoDock Tools（ADT）查看結(jié)果。

1 AV比A4預(yù)測的精確性更高

2 也可以ADT可視化操作。A4中需要的GPF,DPF，map文件不需要了（用A4必須有這些步驟）。

3 AV比A4操作簡單

4 速度更快，時間更短。

5 可變的側(cè)鏈。

However, the source code, the scoring funcion and the actual algorithms used are brand new, so it’s more correct to think of AutoDock Vina as a new “generation” rather than “version” of AutoDock.

所以，接下來用Autodock Vina開始對接

前面剛寫了如何用PyMOL進(jìn)行可視化
是用pdb中現(xiàn)有的受體配體，那如果是自己的蛋白和小分子配體文件呢（這里假設(shè)已經(jīng)知道自己想做哪個哪個蛋白和分子）？那需要先做對接，得到最佳的匹配結(jié)構(gòu)，然后再在PyMOL中進(jìn)行可視化。
至于，究竟想做哪個蛋白或小分子？后面再來寫，大概就是如何選取關(guān)鍵蛋白。
今天我們用EGFR作為受體，小分子配體是Osimertinib，還有一個未知的文件。
autodock不識別中文路徑，所以一定要英文，下面步驟開始之前，先建立一個文件夾假如命為dockd。
并且在軟件中設(shè)為默認(rèn)目錄

image.png

image.png

要想用Autodock vina做分子對接（本質(zhì)就是生物化學(xué)中的鎖匙學(xué)說），得現(xiàn)有讓這個軟件能識別的蛋白和配體文件。

1 受體蛋白和小分子配體的準(zhǔn)備（pdb格式）

1.1 PDB格式蛋白文件的獲取

還是在PDB下載。
search后出現(xiàn)以下界面

PDB-EFGR

image.png

image.png

image.png

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還可以結(jié)合unipro進(jìn)行確認(rèn)。
如果沒有結(jié)構(gòu)的蛋白那就要自己預(yù)測了。比如SWISS-MODEL

1.2 配體文件的獲得

ADT不識別SDF文件，可以讀入mol2或pdb格式文件。

A pubmed下載

image.png

image.png

現(xiàn)在為止，我們得到了蛋白和配體的識別的文件。

2 蛋白受體預(yù)處理

通過上面過程，受體和小分子的pdb格式都有了。接下來要進(jìn)行蛋白受體預(yù)處理。比如去水，加氫，導(dǎo)出PDBQT為受體文件。
剛才去水已經(jīng)用pymol軟件處理了，ADT也提供這個功能。

image.png

File-read molecule，選擇剛才的py輸出的蛋白文件
Delete water,hydrogens-add,ok

image.png

image.png

處理完了，就delete，方便處理其他小分子

3配體小分子的預(yù)處理

3.1 加氫

讀入小分子文件
File-read molecule-mol2或pdb文件
在選擇一個分子作為配體或受體之前，必須把所有的氫都加到這個分子上。所以這里我們打開小分子文件后，加氫這一步彈出的窗口默認(rèn)就行
Edit-hydorgens-add

3.2 選為配體

Ligand-input-choose-選擇-確定
接下來檢測扭轉(zhuǎn)鍵和中心，輸出PDBQT格式的配體文件，
Ligand-torsion tree-detect root done
Ligand-output-save as PDBQT
到現(xiàn)在為止受體和配體的PDBQT文件都得到了。

4 Autodock Vina對接操作與對接結(jié)果解讀

Grid-macromolecule-open-蛋白的pdbqt文件-打開-yes
導(dǎo)入小分子
Grid-set map types-open ligands-小分子pdbqt

image.png

4.1 設(shè)置對接box

Grid-grid box

image.png

通過拖曳，讓盒子全部覆蓋住受體
然后哪個角度都看不到盒子外的蛋白，就可以了
包裹住后，要把盒子里的小分子拖曳出來，步驟如下

image.png

image.png

File-close savingcurrent
Docking-output-vinaconfig

image.png

工作目錄多了一個文件txt

image.png

虛線框內(nèi)的部分可以忽略，是Autodock4的部分內(nèi)容。

注意：這里Autodock4有額外操作，便于PyMOL可視化的結(jié)果

首先，保證這兩個文件在工作目錄下

image.png

設(shè)置好格子并保存后

輸出gpf文件
grid-output-save GPF
然后run-run autogrid,會自動填充gpf文件，launch，會發(fā)現(xiàn)文件夾下多了很多文件
我們需要的是glg文件
后面會用
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5運(yùn)行dockvina

Run—run autodock vina

image.png

Launch后需要等待
出現(xiàn)結(jié)果

image.png

image.png

出現(xiàn)了以下結(jié)果

image.png