總目錄

分子對(duì)接1：PyMOL進(jìn)行可視化
分子對(duì)接2：Autodock Vina進(jìn)行分子對(duì)接
分子對(duì)接3：Autodock Vina的結(jié)果用PyMOL進(jìn)行可視化
分子對(duì)接4：Autodock4進(jìn)行對(duì)接并PyMOL可視化
=================本部分內(nèi)容開(kāi)始=============
前面我們知道了Autodock4和Autodock Vina的區(qū)別，并詳細(xì)演示了如何用Autodock Vina進(jìn)行分子對(duì)接并PyMOL可視化。
今天開(kāi)始Autodock4的對(duì)接。
前面的步驟和Autodock Vina一樣，第四部分開(kāi)始有區(qū)別，所以我們從第四部分開(kāi)始
前面3部分和分子對(duì)接2：Autodock Vina進(jìn)行分子對(duì)接得到對(duì)接結(jié)果一樣

4 Autodock4對(duì)接操作與對(duì)接結(jié)果解讀

Grid-macromolecule-open-蛋白的pdbqt文件-打開(kāi)-yes
導(dǎo)入小分子
Grid-set map types-open ligands-小分子pdbqt

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4.1 設(shè)置對(duì)接box

Grid-grid box

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通過(guò)拖曳，讓盒子全部覆蓋住受體
然后哪個(gè)角度都看不到盒子外的蛋白，就可以了
包裹住后，要把盒子里的小分子拖曳出來(lái)，步驟如下

image.png

image.png

File-close savingcurrent

接下來(lái)，一定保證這兩個(gè)文件在工作目錄下

image.png

4.2GRID輸出gpf文件和glg文件

grid-output-save GPF，

注意.gpf后綴要自己加上

然后run-run autogrid,會(huì)自動(dòng)填充gpf文件，launch，會(huì)發(fā)現(xiàn)文件夾下多了很多文件
包括glg文件

4.3 運(yùn)行AutoGrid得到glg文件

Run-Run AutoGrid
出現(xiàn)的界面中如果log filename是空的，那就browse剛剛生成的gpf文件（parameter filename）
然后launch，等待1分鐘左右彈窗消失
文件夾出現(xiàn)glg，map等文件

4.3run docking得到dpf和dlg文件

選擇大分子：Docking-Macromolecule-Set Rigid Filename-大分子.pdbqt

選擇小分子Docking-Ligand-Choose-小分子.pdbqt-Select Ligand-Accept
這里如果沒(méi)出現(xiàn)彈窗讓選擇，那就不要choose先open，再choose就可以了。
接下來(lái)
Docking-Search Parameters-Genetic Algorithm
彈窗設(shè)置Number of GA Runs運(yùn)行次數(shù)，越多越好，但費(fèi)時(shí)間，比如可以選擇20,50等。
Docking-Docking Parameters-Accept
Docking-Output-Lamarckian GA
保存為name.dpf，記得后綴dpf要自己輸入

4.4 運(yùn)行Autodock4

Run-Run AutoDock，選擇剛剛生成的dpf文件，Launch，此步運(yùn)行時(shí)間較久，大概一個(gè)小時(shí)左右。
運(yùn)行結(jié)束后，彈窗消失，工作文件夾生成一個(gè)dlg文件

4.5結(jié)果查看并寫出復(fù)合體便于PyMOL查看

Analyze-Dockings-Open-選擇生成的dlg文件，出現(xiàn)的彈窗一律YES

image.png

查看對(duì)接結(jié)合能：Analyze-Conformations-Load

image.png

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寫出的complex直接PyMOL可視化即可
詳細(xì)見(jiàn)分子對(duì)接1：PyMOL進(jìn)行可視化