總目錄

分子對接1：PyMOL進行可視化
分子對接2：Autodock Vina進行分子對接
分子對接3：Autodock Vina的結(jié)果用PyMOL進行可視化
分子對接4：Autodock4進行對接并PyMOL可視化
=================本部分內(nèi)容開始=============
和一般順序不一樣，先利用PyMOL進行可視化。后面再發(fā)autodocak vina進行分子對接。
PyMOL的安裝略過。

1 導(dǎo)入蛋白和配體文件。

因為這部分是師范PyMOL的可視化，所以直接導(dǎo)入現(xiàn)成的。（如果得到自己的對接分子，后面說）。
就先從PDB導(dǎo)入，以8a27為例。

PDB導(dǎo)入文件

8A27

要具體知道結(jié)構(gòu)中的具體成分，

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residule name

2 界面基本操作和命令說明

2.1 鼠標(biāo)

左鍵旋轉(zhuǎn)
中間滾輪拖曳
右鍵縮放

2.2 右邊的操作界面

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PyMOL的操作本質(zhì)是圖層操作。

A：action 發(fā)出的一些操作命令。像復(fù)制，重命名，尋找，呈現(xiàn)等。

action

S：show 顯示

各種顯示方式，操作的總體外觀這里控制。

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H:hide隱藏

和S映襯

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L label標(biāo)注標(biāo)簽

對殘基等進行標(biāo)記

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C ：color顏色

改變顏色

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3 刪除水分子

有三種方法

1 A中命令

刪除水分子

2選中sequence中的水分子符號 選中刪除

3個EDO分子也同時刪除了

3

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接下來任務(wù)就是展示配體小分子和蛋白受體的結(jié)合形態(tài)和位點，具體氨基酸名字及距離。如果要做的漂亮點就得多建立幾個圖層，也方便操作。這里多展示幾個，切記不是越多越好，但找到合適結(jié)合形態(tài)的完美展示很重要。因為PyMOL基于圖層操作，所以到時多做幾個供選擇。這里主要是熟悉不同的展示形態(tài)。

4 受體

鼠標(biāo)單擊選擇Chains，然后再途中多肽鏈上左鍵選中

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因為是要對選中的部分進行操作所以

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右側(cè)多了個obj01
選擇A-rename object進行重命名，pro-surface
選中這個圖層（暫且叫圖層吧）的S-Surface然后
H-cartoon
接下來改變顏色和透明度

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如果這里你顯示的和我這個不一樣，那看看右側(cè)的圖層，這個時候應(yīng)該是只顯示pro-surface這個圖層，多選擇了就疊加了。
另外，如果不是單獨的你想要的顯示，這個時候要Hide cartoon，下面同理。
同樣，我們再復(fù)制1個圖層
pro-dot
現(xiàn)在有了

這樣的效果

那接下來要找到配體和受體結(jié)合的位點并顯示出來

5 配體

選中配體

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接下來要知道是哪個氨基酸殘基
右下角-Chains-鼠標(biāo)選中圖中多肽鏈
然后sele圖層S-lines
看起來很亂，沒關(guān)系，放大圖，旋轉(zhuǎn)

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此時可以建立一個新圖層
命名interaction1
chains部分選擇mesh展示
現(xiàn)在的顯示大概這樣

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標(biāo)記并測距

選擇chains，lebel，residules
主菜單Wizard-measurement測距

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