2020-04-05
今日學(xué)習(xí)主題：Linux系統(tǒng)中安裝軟件
前段時間剛學(xué)習(xí)了Mac中的軟件安裝，對于用習(xí)慣了Windows系統(tǒng)的電腦小白來說起初是很拒絕的，但是硬著頭皮學(xué)了之后會發(fā)現(xiàn)其實比Windows中方便很多。今天要學(xué)習(xí)Linux下軟件的安裝就沒有之前那么抗拒了，但跟上述兩系統(tǒng)相比還是有很大的區(qū)別，正如豆花所說：學(xué)習(xí)Linux要拋棄圖形思維！那就開始吧～
Linux命令行中沒有圖形，沒有窗口，沒有雙擊，有的僅僅是代碼。
使用了Linux和R語言處理數(shù)據(jù)，就再也回不去鼠標(biāo)點點點的時代了。
一、Miniconda下載、安裝與激活
首先認識了最方便快捷的軟件下載器--Miniconda（相當(dāng)于Mac中的App store），據(jù)說90%以上的軟件都能搜到。
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Miniconda下載
谷歌搜索清華的conda鏡像網(wǎng)站：“miniconda 清華”，進入第一個結(jié)果。
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
cd biosoft，進行下載：wget+下載鏈接（cmd+v進行粘貼）：wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
sh是腳本的后綴，即上述下載鏈接其實是一個下載的腳本。
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Miniconda安裝
輸入命令代碼：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
在此期間會出現(xiàn)許多版權(quán)信息，Enter鍵跳過。
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Miniconda激活
重要?。?！
輸入代碼source ~/.bashrc進行激活，之后root前面都會出現(xiàn)（base）。
命令行輸入conda,出現(xiàn)一大串信息即代表激活成功。
鏡像網(wǎng)站：相當(dāng)于本網(wǎng)站的副本，conda在國外，而我們在國內(nèi)的下載速度就會很慢，所以從鏡像網(wǎng)站下載可以加快下載速度。
將下面的代碼復(fù)制、粘貼到命令行，點擊Enter即可 。
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
二、Miniconda使用
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查看當(dāng)前軟件列表
conda list
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搜索軟件
以fastqc為例：conda search fastqc可顯示所有版本的此軟件。
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安裝軟件
conda install fastqc -y
加上-y是自動安裝，即出現(xiàn)任何問題都回答yes
conda install fastqc=0.11.7 -y
若不限定版本，則默認安裝最新版本，但有的軟件新版本bug比較多，制定版本號用=。
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卸載軟件
conda remove fastqc
今天的必修學(xué)習(xí)內(nèi)容不像前幾天有些基礎(chǔ)，Linux中軟件安裝對我而言很陌生，之前從未接觸過，雖然學(xué)的有些吃力，但也一步一個腳印地完成了學(xué)習(xí)，遇到的問題及時在群里與小伙伴討論，收獲很大。繼續(xù)加油吖～
