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GSCA（Gene Set Cancer Analysis）是一個(gè)涵蓋單基因分析、多基因分析、免疫浸潤(rùn)分析、突變分析以及藥物敏感性分析的交叉式綜合性癌癥分析數(shù)據(jù)庫(kù)，其中包含了涵蓋了來(lái)自TCGA和GDSC的33種不同類型的癌癥數(shù)據(jù)。除此之外，該網(wǎng)站還將基因數(shù)據(jù)與臨床信息和750多種小分子藥物密切結(jié)合，這為挖掘候選生物標(biāo)志物和有潛在價(jià)值的小分子藥物提供了重要支持，有助于更好地設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)并為進(jìn)一步的臨床試驗(yàn)提供指導(dǎo)。
”數(shù)據(jù)庫(kù)介紹：
鏈接：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/GSCA/#/
進(jìn)入網(wǎng)站首頁(yè)我們可以看到GSCA數(shù)據(jù)庫(kù)主要分為四個(gè)模塊，包括?基因表達(dá)模塊、?免疫模塊、?突變模塊和?藥物敏感性模塊。
一：表達(dá)模塊
在表達(dá)模塊中，我們提供了單基因分析和多基因/基因家族分析兩種選擇。
以下是多基因分析的操作步驟示例：
1點(diǎn)擊Expression模塊。
2輸入您希望分析的基因集，例如“PCTP，PODXL，PPY，PTGS2，RCAN1，SLC4A7，THBD”。
3選擇您感興趣的癌癥類型，可以是一個(gè)或多個(gè)，例如“LUAD，LUSC，KIRC，KIRP”。
4選擇適用的分析類型。
5點(diǎn)擊“submit”以獲得分析結(jié)果。
1 基因表達(dá)差異
氣泡圖展示了腫瘤組織與癌旁組織之間基因集的表達(dá)差異。氣泡的顏色變化代表腫瘤組織與正常組織之間基因表達(dá)倍數(shù)的變化。分析結(jié)果以FC> 2和顯著FDR<0.05為過(guò)濾條件，氣泡的大小表示FDR值大小。
點(diǎn)擊左側(cè)表格中癌癥名稱如圖中“BLCA”，會(huì)展示出該基因在這種癌癥中的差異表達(dá)柱狀圖。
點(diǎn)擊左側(cè)表格中某個(gè)基因的名稱，會(huì)展示出該基因在33種癌癥中的差異表達(dá)情況。
點(diǎn)擊GSEA score,看一看到所選癌癥中基因集合的富集分?jǐn)?shù)匯總
二、免疫模塊
在免疫模塊中，我們探索免疫細(xì)胞浸潤(rùn)與基因組特征之間的相關(guān)性，包括：mRNA表達(dá)、SNV、CNV和甲基化。
1 基因表達(dá)與免疫浸潤(rùn)的相關(guān)性
通過(guò)單擊表格中的任意基因按鈕，可以得到單個(gè)基因與免疫細(xì)胞相關(guān)性的散點(diǎn)圖。
我們不僅能夠觀察mRNA表達(dá)與免疫細(xì)胞之間的相關(guān)性，同時(shí)也能夠探究SNV、CNV、甲基化等與免疫相關(guān)的情況，其操作方法與前述相同。
三、突變模塊
在該模塊中，我們可以分析基因集在不同癌癥中的突變情況，此外我們還可以分析基因突變與患者預(yù)后和基因表達(dá)量的相關(guān)性。
1 SNV(單核苷酸變異)
熱圖向我們展示了基因集在不同癌癥中的SNV頻率。
通過(guò)單擊左側(cè)結(jié)果列表中的某個(gè)基因按鈕，可以顯示基因突變具體位點(diǎn)，類型和數(shù)量。
還可以展示基因水平的變異數(shù)量和類型以及TI和TV突變?cè)敿?xì)信息。
2 單基因SNV與生存
該模塊提供了基因突變型和野生型患者的預(yù)后情況。氣泡顏色越紅代表風(fēng)險(xiǎn)越高，氣泡的大小代表統(tǒng)計(jì)顯著性的大小。被黑色輪廓線圈起的點(diǎn)表示FDR<0.05。
點(diǎn)擊結(jié)果列表中的任意基因按鈕，可以得到該基因野生型和突變型的Kaplan-Meier生存曲線。
四、藥物模塊
在藥物這個(gè)模塊中，我們可以研究mRNA表達(dá)與藥物IC50之間的相關(guān)性。主要研究的藥物數(shù)據(jù)庫(kù)有兩個(gè)GDSC和CTRP。
氣泡圖呈現(xiàn)了基因表達(dá)與藥物敏感性之間的關(guān)聯(lián)。氣泡的顏色代表mRNA表達(dá)與IC50之間的相關(guān)性，而氣泡的大小與FDR顯著性呈正相關(guān)。被黑色輪廓線圈起的點(diǎn)表示FDR值小于0.05。
END
GSCA是一個(gè)功能豐富的綜合性癌癥分析數(shù)據(jù)庫(kù)，即使對(duì)編程不太熟悉的人也能輕松獲得高水平的科研成果。它是進(jìn)行泛癌分析的最佳工具之一。泛癌分析涉及大量數(shù)據(jù)，需要耗費(fèi)大量時(shí)間和精力，而且容易出現(xiàn)錯(cuò)誤。使用GSCA數(shù)據(jù)庫(kù)能夠快速生成圖表，無(wú)需反復(fù)整理復(fù)雜的數(shù)據(jù)，只需輕點(diǎn)鼠標(biāo)，即可瞬間生成圖表。
同時(shí)GSCA也是基因集/基因家族分析的超強(qiáng)工具，不僅可以做表達(dá)分析和預(yù)后分析，還可以做免疫、突變和藥物敏感性分析。簡(jiǎn)直是科研人員必備的神器哇！
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