軟件管理conda

下載到服務(wù)器

• 谷歌搜索“miniconda 清華”（是清華的conda鏡像網(wǎng)站）
  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/會看到linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)兩種版本
  1. 查看自己服務(wù)器是多少位uname -a
  2. 在上述頁面選擇對應(yīng)位數(shù)的最新版本
  3. 復(fù)制下載鏈接
• 用wget下載

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.11.0-Linux-x86_64.sh

sh是腳本（就是一個程序，后臺的代碼）文件的后綴，也就是說其實這是一個下載的腳本，如果安裝失敗了，這個腳本是不需要重新下載的，還是可以用的。

conda安裝

• 安裝程序文件下載完成后進(jìn)行安裝

bash Miniconda3-py39_4.11.0-Linux-x86_64.sh

• 激活

source ~/.bashrc

• 在命令行輸入conda出現(xiàn)幫助信息代表安裝成功
• 添加鏡像

鏡像網(wǎng)站，相當(dāng)于主網(wǎng)站的副本，conda在國外，我們在國內(nèi)下載軟件速度會很慢，因此配置鏡像，從鏡像網(wǎng)站下載，可以加快下載速度

conda的使用

• conda list查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表
• conda install [pkg] -y安裝軟件

默認(rèn)安裝最新版本，但是有的軟件新版本bug比較多，可能需要用到老版本
如果要指定版本號:conda install [pkgs = version] -y

• [pkg] --help確認(rèn)軟件是否安裝成功
  因為只有安裝成功的軟件才能看到幫助文檔，所以出現(xiàn)了這篇幫助文檔，就可以確定已經(jīng)安裝成功
• conda remove [pkg] -y 卸載軟件

conda環(huán)境

生信實戰(zhàn)中，需要分析多個不同的項目。并且每一個項目都需要不同的軟件版本，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求的，比如A項目需要用a軟件V 1.0版本，但是處理B項目又需要用到a軟件的V 1.5版本，怎么辦？
辦法就是分身?。“凑詹煌捻椖?，定制不同的分身，安裝不同的軟件，互不干擾。這個分身就是不同的“conda environment”

• conda info --env查看當(dāng)前conda環(huán)境
  前面帶*的就是默認(rèn)的
• 創(chuàng)建環(huán)境
  比如要處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)了, 先建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic（這兩個可以一步完成）(這里指定python版本是因為有的軟件是基于python開發(fā)的)
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
• 激活需要的環(huán)境
  conda activate rna-seq
  這時默認(rèn)的*就會轉(zhuǎn)移到rna-seq前面；另外在用戶名前面出現(xiàn)了(rna-seq)
• 退出當(dāng)前環(huán)境
  conda deactivate