dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = exprSet,colData = colData, design = ~ group_list)
dds_2 <- DESeq(dds)
vsd <- assay(varianceStabilizingTransformation(dds))
vsd_2 <- assay(varianceStabilizingTransformation(dds_2))
對(duì)于這個(gè)函數(shù),一直在糾結(jié)varianceStabilizingTransformation() 括號(hào)里面是加dds還是dds_2。運(yùn)行上述代碼發(fā)現(xiàn)vsd與vsd_2數(shù)據(jù)是完全一致的,所以不用過多糾結(jié)。。。。

image.png

image.png