PyMOL 是一款廣泛用于分子可視化和結(jié)構(gòu)生物學的開源軟件，主要用于展示和分析蛋白質(zhì)、核酸等生物大分子的三維結(jié)構(gòu)。它由 Warren Lyford DeLano 開發(fā)，現(xiàn)由 Schr?dinger 公司維護和管理。PyMOL 基于 Python 構(gòu)建，結(jié)合圖形界面和命令行操作，支持高質(zhì)量圖像渲染和動畫制作，深受科研人員青睞。

目前已發(fā)布版本分為：

1. PyMOL 1.x 系列
   發(fā)布時間: 早于 2010 年左右，最后一個主要版本為 1.8.x（2015 年左右）。
   特點:
   這是 PyMOL 的經(jīng)典版本，基于 Python 2.x 開發(fā)。
   提供基本的分子可視化功能，如結(jié)構(gòu)顯示、表面渲染和簡單的腳本支持。
   開源社區(qū)維護廣泛，插件生態(tài)豐富（如 APBS 電勢計算）。
   渲染質(zhì)量較好，但缺少現(xiàn)代化的光線追蹤和高性能優(yōu)化。
   適用場景: 老舊系統(tǒng)或依賴 Python 2 的用戶仍在使用，但逐漸淘汰。
   限制: 不支持 Python 3，缺乏新功能和技術(shù)支持。
2. PyMOL 2.x 系列
   發(fā)布時間: 2017 年起，2.0 為重大更新。
   特點:
   遷移到 Python 3，支持現(xiàn)代開發(fā)環(huán)境。
   改進用戶界面（可選 Qt 支持），增強腳本功能和跨平臺兼容性。
   渲染引擎優(yōu)化，支持更高分辨率輸出，部分版本引入光線追蹤改進。
   開源版和商業(yè)版同步更新，商業(yè)版提供額外高級功能（如分子編輯工具）。
   適用場景: 當前學術(shù)和工業(yè)用戶的主流選擇，適合需要 Python 3 集成的科研工作。
   限制: 開源版安裝可能仍需手動配置，部分老插件需更新以適配。
3. PyMOL 3.x 系列
   特點:
   進一步優(yōu)化性能，如 GPU 加速渲染。
   增強 AI 集成（如對接模擬或結(jié)構(gòu)預測工具）。
   更現(xiàn)代化的界面和用戶體驗改進。

本文介紹PyMol3.0.3版本的安裝。界面語言為英文，安裝環(huán)境建議win10或更高，系統(tǒng)位數(shù)為64位。

PyMol

1. 下載安裝包，并解壓；

   
   

2. 以管理員身份運行；

   
   

3. 正常安裝即可。注意：安裝地址需要為默認地址
   

4. 等待安裝完成；

   
   

5. C盤下找到ProgramData（若找不到，需要查看隱藏文件）

   
   
   
   

6. 找到PyMol文件夾后，將下載的安裝包中兩個文件移動至C盤下PyMol文件夾中覆蓋原文件；

   
   
   
   
   
   

7. 打開PyMol軟件，導入.lic許可證，以供長久使用。
   

   打開Pymol

上傳許可證

導入成功

安裝成功

注：軟件的安裝包請關(guān)注“隊長的生物實驗室”獲取。