有讀者在公眾號(hào)后臺(tái)留言問下圖應(yīng)該如何實(shí)現(xiàn)

image.png

實(shí)現(xiàn)這個(gè)圖的辦法很多，今天的推文介紹使用R語(yǔ)言ggplot2包實(shí)現(xiàn)這個(gè)圖的方法。

第一步是準(zhǔn)備數(shù)據(jù)

部分?jǐn)?shù)據(jù)集如下

image.png

總共4列

• 前兩列是變量
• 第三列是相關(guān)系數(shù)
• 第四列是 顯著性P值

前面的變量需要注意的是，因?yàn)橹划嬌先牵詼?zhǔn)備數(shù)據(jù)的時(shí)候是 ：

總共的變量是10個(gè) 第一列10個(gè)x1，接下來(lái)是緊接著9個(gè)x2,然后是8個(gè)x3

第一步樹讀入數(shù)據(jù)

df<-read.csv("20210320.csv",header=T)
head(df)

增加一列顯著性的星號(hào)

library(dplyr)
df%>%
  mutate(label=case_when(
    signi<0.001 ~ "***",
    signi>0.001&signi<0.01 ~ "**",
    signi>0.01&signi<0.05 ~ "*",
    TRUE ~ ""
    )
  ) -> df1

接下來(lái)是作圖

首先是上三角的氣泡圖

library(ggplot2)
ggplot(data=df1,aes(x=var_x,y=var_y))+
  geom_point(aes(size=value,color=value))+
  scale_color_gradient(low = "#80fcfe",high = "#ff80fc",
                       breaks=seq(-1,1,0.2))+
  scale_size_continuous(range = c(5,15))+
  guides(size=F)

image.png

這樣的話X10的位置是不對(duì)的，所以要設(shè)置一下因子的水平

df1$var_x<-factor(df1$var_x,
                 levels = paste0("X",1:10))
df1$var_y<-factor(df1$var_y,
                 levels = paste0("X",1:10))
ggplot(data=df1,aes(x=var_x,y=var_y))+
  geom_point(aes(size=value,color=value))+
  scale_color_gradient(low = "#80fcfe",high = "#ff80fc",
                       breaks=seq(-1,1,0.2))+
  scale_size_continuous(range = c(5,15))+
  guides(size=F)

這樣就對(duì)了

image.png

接下來(lái)是添加文字，首先把對(duì)角線那一列去掉

df1%>%
  filter(var_x!=var_y) -> df2
head(df2)
ggplot(data=df1,aes(x=var_x,y=var_y))+
  geom_point(aes(size=value,color=value))+
  scale_color_gradient(low = "#80fcfe",high = "#ff80fc",
                       breaks=seq(-1,1,0.2))+
  scale_size_continuous(range = c(5,15))+
  guides(size=F)+
  theme_bw()+
  geom_text(data=df2,aes(x=var_y,y=var_x,
                        label=paste0(value,label)))

image.png

最后調(diào)整一下圖例的高度

df1%>%
  filter(var_x!=var_y) -> df2
head(df2)
ggplot(data=df1,aes(x=var_x,y=var_y))+
  geom_point(aes(size=value,color=value))+
  scale_color_gradient(low = "#80fcfe",high = "#ff80fc",
                       breaks=seq(-1,1,0.2))+
  scale_size_continuous(range = c(5,15))+
  guides(size=F)+
  theme_bw()+
  geom_text(data=df2,aes(x=var_y,y=var_x,
                        label=paste0(value,label)))+
  theme(legend.key.height = unit(3.5,'cm'),
        legend.justification = c(0,0),
        legend.title = element_blank())

image.png

這樣就做好了

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