細(xì)菌基因組的組裝

1.上Genome Announcements網(wǎng)站找一篇細(xì)菌基因組文章，找到文章記載的SRA號(hào)

文章截圖

現(xiàn)在用SRR9209163這個(gè)SRA號(hào)做基因組的組裝

2.從SRA數(shù)據(jù)庫(kù)上用prefetch下載該文件

SRA文件下載

3.Fastq-dump解壓

Fastq-dump
  • --gzip 可以輸出gz格式，節(jié)省空間。
  • --split-files 將雙端測(cè)序分為兩份，放在不同的文件。

4.Fastqc質(zhì)控，去接頭

  • 用fastqc質(zhì)量控制


    fastqc

    fastqc之后會(huì)生成HTML文件，打開之后觀察結(jié)果：


    Per base sequence quality_1

    Per base sequence quality_2

  • 用Trimmomatic去接頭
    剛開始用Trimmomatic去接頭的時(shí)候，錯(cuò)將fastqc之后的壓縮文件用于去接頭，導(dǎo)致后面的步驟出錯(cuò)，之后檢查時(shí)發(fā)現(xiàn)這一步雖然成功了，但截圖顯示Input Read Pairs中全是0%：


    出錯(cuò)

    修改之后再次嘗試：


    成功

5.Spades組裝基因組草圖

out of memory

這個(gè)時(shí)候又出錯(cuò)了，上網(wǎng)查詢相關(guān)信息得知可能是沒(méi)有設(shè)置允許的內(nèi)存，也就是memory太小，才會(huì)顯示out of memory。


memory limit

仔細(xì)觀察之后發(fā)現(xiàn)默認(rèn)的memory limit是1G，可能有點(diǎn)小了。


添加參數(shù)

這個(gè)時(shí)候加上-m參數(shù)（單位為G），我設(shè)置了5個(gè)G，這下應(yīng)該夠了。
添加參數(shù)
成功

6.Quast評(píng)價(jià)組裝的基因組效果

quast
成功

quast之后生成報(bào)告文件report.txt和report.html


report.txt
Cumulative length
GC content
Nx
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