轉(zhuǎn)錄組測序是最常用的組學(xué)實(shí)驗(yàn)，對全譜基因定量，找到差異表達(dá)基因。RNAseq涉及到原始數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)質(zhì)控，基因組比對，差異基因鑒定，差異基因功能富集分析，重要基因如轉(zhuǎn)錄因子激酶的靶基因預(yù)測等，我們用10講的時(shí)間，全面講解轉(zhuǎn)錄組測序報(bào)告，及在上百個(gè)項(xiàng)目中遇到的近百個(gè)常見問題。
前兩期視頻，我們討論了測序原始數(shù)據(jù)，原始數(shù)據(jù)的質(zhì)控和過濾。我們拿到cleandata數(shù)據(jù)，在分析樣品的基因表達(dá)信息前需要做基因組比對，序列注釋。如何對序列進(jìn)行比對、注釋；比對率多少算是合格的測序數(shù)據(jù)呢，如何查看比對結(jié)果？本期視頻繼續(xù)探討。
本節(jié)內(nèi)容要點(diǎn)包括：
（1）轉(zhuǎn)錄組測序如何進(jìn)行基因組比對，原理是什么；
（2）有參考基因組和無參考基因組的分析區(qū)別在哪里，怎樣選擇分析模式；
（3）轉(zhuǎn)錄組序列比對的工具有哪些；
（4）基因組比對結(jié)果BAM/SAM文件格式簡介，以及比對率統(tǒng)計(jì)；
（5）基因組瀏覽器IGV的安裝和使用，查看基因組比對概況、基因外顯子表達(dá)量、可變剪切以及基因組變異位點(diǎn)的教學(xué)演示。
視頻教程：
紀(jì)偉講測序3-序列基因組比對
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