1587年申時(shí)行官居首輔已4年，他自稱(chēng)未老先衰，其實(shí)精力正旺他的父母去世多年，所以沒(méi)有丁憂(yōu)的顧慮。他為人溫和謙讓沒(méi)有前任那種趾高氣揚(yáng)的姿態(tài)。 而深實(shí)行的溫和謙讓卻也始終沒(méi)有能使他在政治風(fēng)浪中置身事外，他以后被卷入終端。進(jìn)退維谷，直到提出解成11次之多才能奉準(zhǔn)退休。

申時(shí)行由張居正的推薦入格，表面看來(lái)這對(duì)他關(guān)礙不深。因?yàn)?582年前后，在中樞出任要職的幾乎全部為張居正的私人。申時(shí)行和張四維不同，它以才干取得張居正的信任，而不是以諂媚件用。在張居正死后，他承認(rèn)張居正的過(guò)錯(cuò)，但并不借此夸大前任的故事作為自己執(zhí)政的基本。其間差異，其為同僚所深知，也為皇帝所了解。

申時(shí)行和其他絕大多數(shù)的大學(xué)是一樣出身于政府中執(zhí)掌教育和文墨的部門(mén)。他在翰林院任職達(dá)十五年，官至四讀，并聲轉(zhuǎn)兵部及禮部侍郎，在職僅七個(gè)月即被命為大學(xué)士。

多年的翰林生活更使申時(shí)行對(duì)這些問(wèn)題的理解逐漸加深。翰林院的官員替皇帝撰寫(xiě)誥敕，告斥的接受者總是孝子賢孫，同時(shí)也是眼光遠(yuǎn)大的父母，或是能夠爭(zhēng)取鄰里領(lǐng)導(dǎo)地方的正人君子。至于具體的技術(shù)問(wèn)題，他們的建議也必為上冊(cè)佳績(jī)所有奏，請(qǐng)必然會(huì)得到批準(zhǔn)。所以歸根結(jié)底技術(shù)問(wèn)題仍與道德問(wèn)題不可分離。

在首輔申時(shí)行看來(lái)縱使國(guó)步艱難，政府的辦事能否收效仍可以常識(shí)判斷。要影響全體文官真實(shí)性，必須首先提供自己的誠(chéng)意。他寧可被目為大和事佬，甚至被批評(píng)為犧牲原則的政客，但他堅(jiān)持他調(diào)濟(jì)折衷的原則。他確實(shí)看到了國(guó)家為解決問(wèn)題而設(shè)立文官，但國(guó)家的最大問(wèn)題也就是文官。而奇怪的是，以張先生的精明練達(dá)，竟忽視了這樣基本而簡(jiǎn)單的事實(shí)。

申時(shí)行既然身居首輔，他不能不感到這種局勢(shì)的危險(xiǎn)，文官名義上任職于各部寺院，各有其官方的組織，但是背后又有他們的私人派系。計(jì)算本朝進(jìn)行倫理道德，以做治國(guó)為標(biāo)準(zhǔn)，生效不如理想，可是也別無(wú)更好的辦法。假如沒(méi)有這些觀念和規(guī)則，我們政府靠什么而存在。這種倫理教育所收到的效果，可以用前面提到的鄒元標(biāo)為例。

鄒元標(biāo)在1577年得中進(jìn)士，時(shí)年26歲，當(dāng)時(shí)他還沒(méi)有任何官職，然而根據(jù)圣賢的指導(dǎo)。他竟尚書(shū)指出張居正不肯丁憂(yōu)的可恥可惡。這一封奏章使他在午門(mén)外受到了廷仗。