Linux軟件安裝
1.安裝須知
1.1.Linux的應用商店
Conda
是一個開源的軟件包管理系統和環(huán)境管理系統，用于安裝多個版本的軟件包及其依賴關系，并在它們之間輕松切換。 Conda 是為 Python 程序創(chuàng)建的，適用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分發(fā)其他軟件。
Miniconda(生信分析首選)
只包含最基本的內容——python與conda，以及相關的必須依賴項，對于空間要求嚴格的用戶，Miniconda是一種選擇。就只包含最基本的東西，其他的庫得自己裝。
優(yōu)勢：小巧，節(jié)省空間，只攜帶了conda所必須的依賴包。
Anaconda
是一個打包的集合，里面預裝好了conda、某個版本的python、眾多packages、科學計算工具等等，就是把很多常用的不常用的庫都給你裝好了。
2.Miniconda安裝
2.1.進入Linux系統
查看版本信息
uname -a
2.2.進入清華鏡像網站獲取Miniconda下載地址
2.3.從服務器進入
cd biosoft
2.4.下載Miniconda
wget #加下載鏈接
2.5.安裝Miniconda
運行 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
全程遇到yes/no 選yes
遇到more 按 enter
2.5.激活conda
source ~/.bashrc
2.6.判斷安裝成功
輸入conda，有很多的信息，則安裝成功
2.7.添加鏡像
鏡像地址來源于生信星球微信公眾號
使用中科大的鏡像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
3.使用conda安裝軟件
3.1.查看軟件列表
conda list
3.2.安裝軟件fastqc
conda install fastqc -y
3.3.判斷軟件安裝是否成功
輸入fastqc --help，有幫助文件則安裝成功
3.4.卸載軟件
conda remove fastqc -y
4.conda環(huán)境構建
根據數據分析要求有時需要選擇不同版本的軟件進行分析此時就需要構建不同的conda環(huán)境安裝不同版本的軟件
4.1.查看當前環(huán)境
conda info --envs
4.2.新建環(huán)境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
4.3.再次查看環(huán)境
conda info --envs
4.4.更換環(huán)境
conda activate rna-seq
4.5.退出當前環(huán)境，回到默認環(huán)境
conda deactivate
5.思維導圖
