打臉時(shí)刻來了~~~~
之前在Linux下用SRA Toolkit下載數(shù)據(jù)效果不好，所以，果斷的將它拉入了黑名單。
但是最近下載數(shù)據(jù)，用windows版本的SRA Toolkit，啊~真香~~
1、下載
image.png
然后解壓縮。
2、安裝
D:\1系統(tǒng)軟件安裝包\sratoolkit.2.11.0-win64\bin\vdb-config --interactive
會(huì)出現(xiàn)以下界面，有點(diǎn)懵逼。
image.png
但是一般軟件的安裝程序就是自定義安裝還是默認(rèn)安裝。為了防止各種插件出錯(cuò)，保險(xiǎn)起見，選擇默認(rèn)。
按“default”當(dāng)中標(biāo)亮的字母，“f”即可。
然后后面會(huì)彈出兩個(gè)問題，自己看著選擇就行。
然后 過一會(huì)兒會(huì)跳出來你結(jié)果文件的存儲(chǔ)路徑。
按上下鍵選擇，按“s”保存，再按“exit”退出。
然后輸入
D:\1系統(tǒng)軟件安裝包\sratoolkit.2.11.0-win64\bin\prefetch -h
跳出以下界面說明安裝成功。
image.png
3、數(shù)據(jù)下載
進(jìn)入你要下載的數(shù)據(jù)的SRR界面。
如下圖所示：先選1，再下載2。
image.png
然后你就會(huì)得到一個(gè)SRR_Acc_List.txt文件。
然后把這個(gè)文件放到你知道的位置。
D:\1系統(tǒng)軟件安裝包\sratoolkit.2.11.0-win64\bin\prefetch.exe --option-file SRR_Acc_List.txt
等待數(shù)據(jù)下載完成。
image.png
4、獲得fastq文件
上述步驟你會(huì)得到很多個(gè)SRR開頭的文件夾。
然后通過fastq-dump將這些數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成FASTQ文件，即可。
D:\1系統(tǒng)軟件安裝包\sratoolkit.2.11.0-win64\bin\fastq-dump -I --split-files SRRxxxxx
歐了。
