PART1 m6A/MeRIP-seq

此次學(xué)習(xí)的m6A/MeRIP-seq 適合單個(gè)細(xì)胞樣本或者bulk樣本

work flow
image.png

需要用到的包：

Cutadapt, tested with 1.15
Samtools, tested with 1.7
HISAT2, tested with 2.1.0
Picard, tested with 2.17.10
bedtools, tested with 2.27.1
bedGraphToBigWig
StringTie, tested with 1.3.4d
prepDE.py
gffcompare, tested with 0.10.4
MACS2, tested with 2.1.1.20160309
HOMER, tested with 4.9
R, tested with 3.3.3. Install three libraries exomePeak, MeTPeak and MeTDiff in R.

參考文檔：shunliubio/easym6A: Process m6A/MeRIP-seq data in a single or batch job mode (github.com)

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