Gigascience | Galaxy cirocs

文獻(xiàn)信息:
標(biāo)題:Galactic Circos: User-friendly Circos plots within the Galaxy platform
中文:用戶友好型galaxy circos繪圖平臺(tái)
雜志:gigascience
時(shí)間:2020.12

Github:https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/circos
介紹:https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/visualisation/tutorials/circos/slides.html#6
手冊(cè):https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/visualisation/tutorials/circos/tutorial.html


基于win還是linux???

可用的galaxy circos web服務(wù):
usegalaxy.eu
usegalaxy.org
usegalaxy.org.au

摘要:
背景
Circos是一個(gè)流行的、高度靈活的軟件包,用于復(fù)雜數(shù)據(jù)集的圓形可視化。Circos在基因組分析領(lǐng)域尤其流行,它支持任何分析數(shù)據(jù)的交互式繪圖,包括替代科學(xué)領(lǐng)域數(shù)據(jù)和非科學(xué)數(shù)據(jù)。這種高度的靈活性也伴隨著高度的復(fù)雜性,這可能會(huì)給沒(méi)有受過(guò)編程或UNIX命令行培訓(xùn)的研究人員帶來(lái)障礙。Galaxy平臺(tái)提供了一個(gè)用戶友好的基于瀏覽器的圖形界面,包含了廣泛的“包裝”命令行工具,以方便訪問(wèn)。

發(fā)現(xiàn)
我們?yōu)镃ircos開(kāi)發(fā)了一個(gè)Galaxy wrapper,將Circos的強(qiáng)大功能與Galaxy平臺(tái)的易用性和易用性相結(jié)合。該組合極大地簡(jiǎn)化了最終用戶的Circos圖的規(guī)范和配置,同時(shí)保留了生成復(fù)雜多維數(shù)據(jù)集的發(fā)布質(zhì)量可視化的能力。

結(jié)論
Galactic Circos通過(guò)Galaxy平臺(tái),僅使用web瀏覽器就可以創(chuàng)建準(zhǔn)備出版的Circos圖。用戶可以下載他們的地塊的Circos配置文件的完整集,以便進(jìn)一步手動(dòng)定制。Circos的這個(gè)版本是作為銀河工具棚的開(kāi)源可安裝應(yīng)用程序提供的,其使用說(shuō)明在銀河培訓(xùn)網(wǎng)絡(luò)托管的培訓(xùn)手冊(cè)中。

文中圖:





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