Linux環(huán)境下的軟件安裝

軟件管理Miniconda

Linux的軟件商店—Conda的精華版，最方便快捷的軟件下載器，90%以上的軟件都能搜到。

將minconda下載到服務(wù)器

1. 查看服務(wù)器位數(shù)
輸入命令uname -a

查看服務(wù)器位數(shù)

miniconda下載

Linux里鼠標(biāo)左鍵點(diǎn)一下是復(fù)制，右鍵點(diǎn)一下是粘貼

下載

安裝miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

如果安裝失敗，需要從這里重新開始。安裝過程中出現(xiàn)的版權(quán)信息按回車鍵跳過。按提示進(jìn)行安裝。

輸入Enter開始安裝

繼續(xù)安裝

安裝成功

激活Conda

輸入source ~/.bashrc激活conda。

命令行輸入conda，出現(xiàn)滿屏的信息說明成功了。如果報(bào)錯(cuò)說明沒進(jìn)行激活命令

成功

不成功就將miniconda這個(gè)目錄刪除，然后從“安裝miniconda”開始重來?。∽⒁獠灰?jiǎng)h除安裝包哈，要不還得浪費(fèi)時(shí)間在下載上。

添加鏡像

鏡像網(wǎng)站就是主網(wǎng)站的副本，由于conda在國(guó)外，國(guó)內(nèi)下載速度比較慢，因此配置鏡像會(huì)加快下載速度

# 使用中科大的鏡像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

添加鏡像

Conda的使用

• 查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表 conda list
  
  查看軟件列表
• 安裝軟件 conda install fastqc -y
-y是yes，意思是安裝過程中問題全部回答yes

默認(rèn)安裝最新版本，但有的新版本有bug,如果要指定版本號(hào)，輸入 conda install fastqc=0.11.7 -y

安裝軟件

• 確認(rèn)是否安裝成功
  輸入fastqc --help，如果出現(xiàn)幫助文檔，說明軟件安裝成功
  
  確認(rèn)是否成功安裝
• 卸載軟件 conda remove fastqc -y
  
  卸載軟件

Conda環(huán)境

生信實(shí)戰(zhàn)中，需要分析轉(zhuǎn)錄組、基因組組裝、重測(cè)序等多個(gè)項(xiàng)目。每一個(gè)項(xiàng)目都需要不同的軟件，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求的，比如A項(xiàng)目你需要用a軟件V 1.0版本，但是處理B項(xiàng)目又需要用到a軟件的V 1.5版本，怎么辦？
--辦法就是分身?。“凑漳愕捻?xiàng)目，定制不同的分身，安裝不同的軟件，互不干擾。這個(gè)分身就是不同的“conda environment”。

• 查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境 conda info --envs

目前只有一個(gè)環(huán)境

例如處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，要建立一個(gè)叫RNAseq的coonda環(huán)境，指定Python版本為3，安裝fastqc, trimmomatic
conda create -n RNAseq python=3 fastqc trimmomatic -y

創(chuàng)建新環(huán)境

• 再次查看環(huán)境，發(fā)現(xiàn)多了一個(gè)RNAseq。但默認(rèn)的還是base。因此需要激活新的conda環(huán)境
  

  再次查看環(huán)境

• 激活新環(huán)境conda activate rna-seq
  默認(rèn)的*轉(zhuǎn)到了rna-seq前面，用戶名root前出現(xiàn)了rna-seq
  

  激活新環(huán)境
  
  輸入安裝的軟件fastqc trimmomatic出現(xiàn)幫助信息
  

• 退出當(dāng)前環(huán)境 conda deactivate
  

  退出當(dāng)前環(huán)境