Day3
昨天學(xué)習(xí)的是學(xué)習(xí)Linux的基礎(chǔ)準(zhǔn)備，以及幾個(gè)簡單常用的指令，今天準(zhǔn)備學(xué)習(xí)Linux中軟件的安裝，軟件的安裝是基于conda這個(gè)軟件和環(huán)境的管理系統(tǒng)，用conda可以很輕松地在Linux上安裝軟件，今天安裝的是conda的精簡版——miniconda，話不多說，走著。
miniconda安裝
miniconda安裝
強(qiáng)調(diào)，安裝后一定要激活變量，否則conda代碼都不能正常運(yùn)行，若變量無法正常激活，或者安裝失敗，就用rm -f ~/miniconda3將整個(gè)目錄刪除重新安裝
附上代碼
- bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- ①sourece ~/miniconda3/bin/activate ②source ~/.bashrc
- 鏡像代碼
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
軟件安裝
用conta安裝軟件
附上代碼
- conda install 軟件名 -y
- conda remove 軟件名 -y
conta環(huán)境變量的配置
因?yàn)椴煌能浖蟮沫h(huán)境不同，甚至可能會(huì)起沖突，所以通過自行配置的方式，為軟件創(chuàng)造特殊的環(huán)境，來滿足不同軟件的運(yùn)行
conda環(huán)境變量配置流程
強(qiáng)調(diào)，配置時(shí)一定要-n，否則會(huì)報(bào)錯(cuò)，使用時(shí)一定要先激活
附上代碼
- conda info --envs
- conda create -n xxxxx python=3 fastqc trimmomatic -y
- conda activate xxxxx
- conda deactivate
