今天繼續(xù)學(xué)習(xí)linux系統(tǒng)的使用，內(nèi)容是linux環(huán)境下的軟件安裝：

Day3學(xué)習(xí)內(nèi)容.png

1、下載和安裝miniconda

• 搜索“miniconda 清華”，進(jìn)入清華的conda鏡像網(wǎng)站，找到miniconda下載地址
• 登錄服務(wù)器，輸入uname -a，查看服務(wù)器為64位
• 輸入cd biosoft，進(jìn)入biosoft目錄
• 輸入wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 進(jìn)行下載
• 輸入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh進(jìn)行安裝
  中間按 Enter 跳過版權(quán)信息，并根據(jù)提示輸入 yes 或按 Enter
  成功安裝miniconda3.png

輸入source ~/.bashrc來激活conda
命令行輸入conda，出現(xiàn)滿屏的信息說明成功了
如果報(bào)錯(cuò)，說明可能沒有進(jìn)行上一步的source ~/.bashrc命令

激活miniconda3.png

• 添加鏡像

使用中科大的鏡像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

2、使用miniconda

• 輸入conda list查看服務(wù)器上安裝的所有軟件列表
  查看軟件列表.png
• 輸入conda install fastqc=0.11.7 -y安裝軟件fastqc，版本為0.11.7
  -y表示后面的問題全部回答yes

• 輸入fastqc --help，出現(xiàn)大片文字，說明軟件安裝成功
  驗(yàn)證fastqc安裝成功.png

• 輸入conda remove fastqc -y卸載軟件
  卸載fastqc.png

3、定制conda的分身

• 輸入conda info --envs，查看到當(dāng)前就一個(gè)conda環(huán)境

• 輸入conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y，建立一個(gè)名叫rna-seq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic
  建立conda環(huán)境.png

• 輸入conda info --envs，再次查看環(huán)境，發(fā)現(xiàn)多了一個(gè)rna-seq，但默認(rèn)還是base

• 輸入conda activate rna-seq，激活新的conda環(huán)境

• 輸入fastqc，下面出現(xiàn)大片信息，可以使用
  激活conda環(huán)境.png

• 輸入conda deactivate，即可退出當(dāng)前環(huán)境

4、學(xué)習(xí)感想

平時(shí)一直在用windows系統(tǒng)，習(xí)慣了面對圖形界面。通過這兩天接觸linux系統(tǒng)，我有了很不一樣的感受。雖然一開始確實(shí)會不習(xí)慣，但想到后面要面對大量數(shù)據(jù)信息時(shí)，就會發(fā)現(xiàn)代碼的快捷與方便了。希望自己早日轉(zhuǎn)換思維，慢慢熟悉linux系統(tǒng)的使用。

本學(xué)習(xí)內(nèi)容參考微信公眾號：生信星球