本周最新文獻(xiàn)速遞20220306
一、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 一
文獻(xiàn)題目： Genome-wide analysis provides genetic evidence that ACE2 influences COVID-19 risk and yields risk scores associated with severe disease
不想看英文題目： 全基因組分析表明 ACE2 與 COVID-19 嚴(yán)重疾病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
研究意義： 探究影響 COVID-19 的遺傳因素
結(jié)論：
- 對(duì)來自 GHS、PMBB、UKB 和 AncestryDNA 四個(gè)隊(duì)列、5 個(gè)祖先群體的 52,630 名 COVID-19 個(gè)體和 704,016 名健康對(duì)照進(jìn)行了全基因組關(guān)聯(lián)研究 (GWAS)，在七種風(fēng)險(xiǎn)/嚴(yán)重程度表型中，發(fā)現(xiàn)一個(gè)新的變異位點(diǎn) rs190509934:C（MAF?=?0.3%, OR?=?0.60, 95% CI =?0.52–0.69, P =?4.5?× 10-13 ）與 COVID-19 風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)；
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- 利用 RNA 測(cè)序 (RNA-seq) 數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn) rs190509934:C 可降低 ACE2 的表達(dá)水平；
- 與非攜帶者相比，rs190509934:C 可減少 37% 的 ACE2 表達(dá)水平；
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- 在前人發(fā)現(xiàn)的 8 個(gè)獨(dú)立信號(hào)中，有 6 個(gè)位點(diǎn)在本次研究被重復(fù)出來（p <?0.0012）；
- 這 6 個(gè)位點(diǎn)中，其中 MHC 變異與哮喘和 2 型糖尿?。═2D）相關(guān)，ABO 變異與腎臟疾病和 T2D 相關(guān)；
- 對(duì)哮喘、T2D 和腎臟疾病進(jìn)行校正后，MHC 與 ABO 變異仍與 COVID-19 顯著相關(guān)，說明哮喘、 T2D 和腎臟疾病不是導(dǎo)致 MHC 與 ABO 變異 與 COVID-19 顯著相關(guān)的原因；
- 在 6 個(gè)位點(diǎn)中，4 個(gè)（LZTFL1、MHC、DPP9 和 IFNAR2）與 COVID-19 個(gè)體的較差結(jié)局（比如呼吸衰竭和死亡）顯著相關(guān)（ P < 0.05），而 ABO 和 SLC6A20與 COVID-19 嚴(yán)重程度無關(guān)；
- 對(duì)感染 SARS-CoV-2 的個(gè)體進(jìn)行加權(quán)遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分 (GRS)，發(fā)現(xiàn)在歐洲個(gè)體中，高 GRS（前 10%）的個(gè)體住院風(fēng)險(xiǎn)和嚴(yán)重疾病風(fēng)險(xiǎn)分別增加 1.38 倍（95% CI = 1.26–1.53，P ?= 6 × 10-11）和 1.58 倍（95% CI = 1.36-1.82，P ?= 7 × 10-10）。在其他血統(tǒng)中，高 GRS 則增加住院風(fēng)險(xiǎn)；
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- 對(duì)臨床危險(xiǎn)因素分層分析后，發(fā)現(xiàn)高 GRS（前 10%）個(gè)體仍與嚴(yán)重疾病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)，說明 GRS 具有識(shí)別發(fā)展成嚴(yán)重疾病風(fēng)險(xiǎn)的 COVID-19 病例的潛在能力。
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- 基于此，作者對(duì)所有風(fēng)險(xiǎn)因子（包括遺傳的 GRS 和非遺傳因素）進(jìn)行嚴(yán)重疾病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)在非遺傳因子的模型中加入 GRS 信息可提高嚴(yán)重疾病風(fēng)險(xiǎn)的預(yù)測(cè)能力，在AncestryDNA 和 UKB 兩個(gè)隊(duì)列中，其預(yù)測(cè)能力分別提高了 0.8% 和 0.5%；
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亮點(diǎn)： GRS 的分層分析做的很細(xì)致，可以學(xué)習(xí)下；
局限： 如果不是樣本珍貴，這篇文章挺難發(fā) NG 的，很多 post-GWAS 的工作都沒做。而且對(duì)于新發(fā)現(xiàn)的位點(diǎn)也沒有進(jìn)行重復(fù)驗(yàn)證；
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41588-021-01006-7
公開的資料：
- 關(guān)聯(lián)結(jié)果：https://rgc-covid19.regeneron.com/
- 代碼：https://github.com/rgcgithub/regenie
二、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 二
文獻(xiàn)題目： Landscape of adenosine-to-inosine RNA recoding across human tissues
不想看英文題目： 跨人體組織的腺苷到肌苷 RNA 重編輯圖譜
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
研究意義： 腺苷到肌苷 (A-to-I) 的 RNA 編輯由 ADAR（作用于 RNA 的腺苷脫氨酶）酶家族催化，是動(dòng)物中最常見的 RNA 編輯形式。 RNA 編輯可改變 mRNA 的編碼信息。對(duì)蛋白質(zhì)編碼序列進(jìn)行重編輯可引入新的、功能不同的蛋白質(zhì)異構(gòu)體、產(chǎn)生多樣性的蛋白質(zhì)組。近幾十年來，一些重編輯位點(diǎn)的功能重要性一直受到人們的重視。然而，沒有有效的方法檢測(cè)這些位點(diǎn)。因此，作者提出了一種新的檢測(cè)方法。通過檢測(cè) GTEx 的 9125 個(gè) RNA-seq 樣本的重編輯水平，生成人體不同組織編輯水平高精度圖譜。
結(jié)論：
- 針對(duì)人類編碼區(qū)域重編輯（CDS A-to-I RNA）位點(diǎn)的檢測(cè)，作者開發(fā)了如下的流程：
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- 通過該流程，總共產(chǎn)生了 1517 個(gè)人類 CDS A-to-I RNA 位點(diǎn)；
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- CDS A-to-I RNA 位點(diǎn)傾向于富集在 ADARs 5' 和 3' 區(qū)域。此外，在反義鏈上觀察到大量的 T-to-C 位點(diǎn)（1006 個(gè)），利用鏈特異性 RNA-seq 數(shù)據(jù)集證明 T-to-C 信號(hào)是通過反義鏈轉(zhuǎn)錄的 A-to-I 編輯位點(diǎn)互補(bǔ)得到的；
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- 另外研究發(fā)現(xiàn)不同組織的編輯水平存存在差異。比如動(dòng)脈、結(jié)腸和食道的編輯程度遠(yuǎn)高于大腦；
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- 為了進(jìn)一步驗(yàn)證前面發(fā)現(xiàn)的 1517 個(gè) A-to-G ，作者使用了另外三個(gè)鏈特異性 RNA-seq 數(shù)據(jù)集進(jìn)行重復(fù)驗(yàn)證。在 1517 個(gè) A-to-G 位點(diǎn)中，948 個(gè)位點(diǎn)在至少一個(gè)驗(yàn)證集中發(fā)生了編輯（FDR < 0.05 ）；
- 前人研究發(fā)現(xiàn)基因組非編碼區(qū)的編輯位點(diǎn)呈聚集狀態(tài)。在本研究中，同樣觀察到編碼區(qū)的編輯位點(diǎn)是聚在一起的；
- 作者推測(cè)產(chǎn)生聚集可能是因?yàn)榇嬖诰庉嫽パa(bǔ)序列 (ECS)，該序列可與 CDS 區(qū)域的 A-to-G 編輯位點(diǎn)互補(bǔ)。例如，在 cldn9 (Claudin 9) 的 CDS 區(qū)域存在一只含有 19 個(gè)編輯位點(diǎn)的編輯簇，并且在 cldn9 (Claudin 9) 的下游 1741 bp 處發(fā)現(xiàn)了一個(gè) ECS，該 ECS 上的 T-to-C 位點(diǎn)正好與 cldn9 (Claudin 9) CDS 區(qū)域的 A-to-G 編輯位點(diǎn)互補(bǔ)；
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- 對(duì)重編碼位點(diǎn)的進(jìn)化過程進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)大部分編輯位點(diǎn)在物種間是保守的，只有 17 個(gè)位點(diǎn)是人類特異性的。且保守位點(diǎn)的比例隨著編輯水平的增加而增加。
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- 對(duì)人類與其他哺乳動(dòng)物的編輯位點(diǎn)進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)單個(gè)突變和物種特異性 dsRNA 結(jié)構(gòu)可以導(dǎo)致新的編輯位點(diǎn)產(chǎn)生。例如，ASNS 基因外顯子和內(nèi)含子可形成 50 bp 長(zhǎng)的 dsRNA，這種結(jié)構(gòu)在大多數(shù)靈長(zhǎng)類動(dòng)物中是保守的。但當(dāng) ASNS 內(nèi)含子發(fā)生 G 到 A 突變后，內(nèi)含子 A 會(huì)被編輯，與此同時(shí)，有四個(gè)新的編輯位點(diǎn)出現(xiàn)在外顯子 C 附近；
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亮點(diǎn)： 在人類組織水平鑒定了多個(gè) RNA 編輯位點(diǎn)，并探究編輯位點(diǎn)產(chǎn)生的潛在機(jī)制，以及編輯位點(diǎn)的適應(yīng)性進(jìn)化；
局限： 第一，題目起得太大，看題目我以為是檢測(cè)所有位點(diǎn)，仔細(xì)閱讀下來發(fā)現(xiàn)只是檢測(cè)編碼區(qū)的編輯位點(diǎn)；第二，對(duì)于檢測(cè)到的 1517 個(gè)編輯位點(diǎn)，有多少個(gè)是具有生物學(xué)意義的？如果大多數(shù)都是噪音，那么一萬個(gè)跟一百個(gè)又有什么區(qū)別？第三，等我想到了再補(bǔ)充。
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-28841-4
公開的資料：
代碼：https://github.com/a2iediting/deNovo-Detect
三、其他文獻(xiàn)推薦
下面的文獻(xiàn)也挺精彩的，但由于下不到原文，或博主時(shí)間有限，沒法精細(xì)解讀，故列出來供各位參閱；
當(dāng)然，你們有精彩的文獻(xiàn)想讓我解讀的（前提是一周內(nèi)剛出爐的文獻(xiàn)），可給我發(fā)pdf（然而可能種種原因，我不一定有時(shí)間解讀，不要對(duì)我抱太高期待）；
文獻(xiàn)題目： Ancient DNA and deep population structure in sub-Saharan African foragers
不想看英文題目： 撒哈拉以南非洲覓食者的古代 DNA 和群體結(jié)構(gòu)
雜志和影響因子： Nature (IF: 42.778; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04430-9
文獻(xiàn)題目： A single-cell atlas of the normal and malformed human brain vasculature
不想看英文題目： 正常和畸形人腦血管的單細(xì)胞圖譜
雜志和影響因子： Science (IF: 41.845; Q1)
文章鏈接：
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abi7377
文獻(xiàn)題目： Fly Cell Atlas: A single-nucleus transcriptomic atlas of the adult fruit fly
不想看英文題目： 果蠅細(xì)胞圖譜：成年果蠅的單核轉(zhuǎn)錄組圖譜
雜志和影響因子： Science (IF: 41.845; Q1)
文章鏈接：
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abk2432
文獻(xiàn)題目： Local hyperthermia therapy induces browning of white fat and treats obesity
不想看英文題目： 局部熱療誘導(dǎo)白色脂肪褐變并治療肥胖
雜志和影響因子： Cell (IF: 38.637; Q1)
文章鏈接：
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(22)00144-1
文獻(xiàn)題目： Chromosome-scale and haplotype-resolved genome assembly of a tetraploid potato cultivar
不想看英文題目： 四倍體馬鈴薯的染色體規(guī)模和單倍型分辨率下的基因組組裝
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01015-0
文獻(xiàn)題目： Transcriptional kinetics and molecular functions of long noncoding RNAs
不想看英文題目： 長(zhǎng)鏈非編碼 RNA 的轉(zhuǎn)錄動(dòng)力學(xué)和分子功能
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01014-1
文獻(xiàn)題目： Associations between alcohol consumption and gray and white matter volumes in the UK Biobank
不想看英文題目： 英國(guó)生物銀行中酒精消費(fèi)與灰質(zhì)和白質(zhì)體積之間的關(guān)聯(lián)
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-28735-5
文獻(xiàn)題目： Whole-genome sequencing of 1,171 elderly admixed individuals from S?o Paulo, Brazil
不想看英文題目： 巴西圣保羅 1,171 名老年人混合個(gè)體的全基因組測(cè)序
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-28648-3
文獻(xiàn)題目： Modeling assortative mating and genetic similarities between partners, siblings, and in-laws
不想看英文題目： 伴侶、兄弟姐妹和姻親之間的同質(zhì)性婚配和遺傳相似性研究
Assortative mating: 同質(zhì)性婚配，又稱選型交配，指傾向于選擇與自己接近的配偶進(jìn)行繁殖，在人類身上表現(xiàn)為性格，年齡，教育等等；
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-28774-y
文獻(xiàn)題目： Towards accurate and reliable resolution of structural variants for clinical diagnosis
不想看英文題目： 準(zhǔn)確可靠地檢測(cè)結(jié)構(gòu)變異并用于臨床診斷（review哦）
雜志和影響因子： Genome Biol (IF: 10.81; Q1)
文章鏈接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35241127/
四、工具或資源類介紹
文獻(xiàn)題目： Robust Mendelian randomization in the presence of residual population stratification, batch effects and horizontal pleiotropy
不想看英文題目： MR-SENSEMAKR：存在群體分層、批次效應(yīng)和水平多效性情況下的孟德爾隨機(jī)化分析
雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-28553-9
文獻(xiàn)題目： TADA—a machine learning tool for functional annotation-based prioritisation of pathogenic CNVs
不想看英文題目： TADA——基于致病性 CNV 優(yōu)先排序的機(jī)器學(xué)習(xí)工具
雜志和影響因子： Genome Biol (IF: 10.81; Q1)
文章鏈接：
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-022-02631-z
文獻(xiàn)題目： TransposonUltimate: software for transposon classification, annotation and detection
不想看英文題目： TransposonUltimate：轉(zhuǎn)座子分類、注釋和檢測(cè)軟件
雜志和影響因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章鏈接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac136/6541023
文獻(xiàn)題目： Summarizing internal dynamics boosts differential analysis and functional interpretation of super enhancers
不想看英文題目： 內(nèi)部動(dòng)力學(xué)促進(jìn)了超級(jí)增強(qiáng)子的差異分析和功能解釋
雜志和影響因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章鏈接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac141/6541024
文獻(xiàn)題目： GREEN-DB: a framework for the annotation and prioritization of non-coding regulatory variants from whole-genome sequencing data
不想看英文題目： GREEN-DB：全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)中非編碼調(diào)控變異位點(diǎn)的注釋和優(yōu)先排序框架
雜志和影響因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章鏈接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac130/6541021
文獻(xiàn)題目： COVID-19 Spread Mapper: A multi-resolution, unified framework and open-source tool
不想看英文題目： COVID-19 Spread Mapper：多分辨率、統(tǒng)一框架和開源工具
雜志和影響因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章鏈接：
文獻(xiàn)題目： HAMdetector: A Bayesian regression model that integrates information to detect HLA-associated mutations
不想看英文題目： HAMdetector：檢測(cè) HLA 相關(guān)突變的貝葉斯回歸模型
雜志和影響因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章鏈接：
文獻(xiàn)題目： MultiBaC: An R package to remove batch effects in multi-omic experiments
不想看英文題目： MultiBaC：在多組學(xué)中消除批次效應(yīng)的 R 包
雜志和影響因子： Brief Bioinform (IF: 11.62; Q1)
文章鏈接：
https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btac132/6541627
致謝橙子牛奶糖（陳文燕），請(qǐng)用參考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
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