課后補(bǔ)充--高精度華大數(shù)據(jù)的細(xì)胞注釋與鄰域分析

作者,Evil Genius

我們的課程過半了,不知道大家學(xué)的如何了?

如果手上已經(jīng)有了空間數(shù)據(jù),花費(fèi)了很多經(jīng)費(fèi)了,就趕緊分析分析,發(fā)的越早,IF越高,現(xiàn)在都很卷了,拖不起。

這一篇我們來進(jìn)行高精度華大數(shù)據(jù)的注釋與鄰域分析。

所謂高精度,有兩種,一種是華大的bin為20/30(低于50),一種是華大的細(xì)胞核分割數(shù)據(jù),不過目前核分割丟失信息量太多,所以需要慎重。

那么對(duì)于bin30的華大數(shù)據(jù),如何注釋?而且數(shù)據(jù)要達(dá)到分析的標(biāo)準(zhǔn),基因數(shù)不能太低。

那么如何注釋呢?

就是之前提到的雙pattern模式。

后續(xù)的niche分析也在雙pattern的模式上進(jìn)行。

那么在這種思路下,空間細(xì)胞類型的關(guān)系問題就演化成了兩層pattern的細(xì)胞關(guān)系問題。

最后,附上模式下分析細(xì)胞niche的分析代碼

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