目前市面上有很多公司外泌體RNA測(cè)序推薦的數(shù)據(jù)量很少，為了合理評(píng)價(jià)一個(gè)合適的有說(shuō)服力的有效數(shù)據(jù)量，我們對(duì)公開(kāi)發(fā)表的相關(guān)外泌體文章和數(shù)據(jù)進(jìn)行檢索和信息收集，此次文章如下：

文章信息

• 文獻(xiàn)標(biāo)題：Characterization of protein, long noncoding RNA and microRNA signatures in extracellular vesicles derived from resting and degranulated mast cells
• Doi：https://doi.org/10.1080/20013078.2019.1697583
• 發(fā)表時(shí)間：Journal of Extracellular Vesicles 06 December 2019
• 作者：上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院上?？傖t(yī)院檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)科，Li Li

文中縮寫：

• MCs，Mast cells
• BMMCs，Bone marrow-derived MCs

關(guān)注點(diǎn)

• miRNA，lncRNA在文中的數(shù)據(jù)量，比對(duì)率等數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估指標(biāo)

文件實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)方案：Rest-EV vs Sti-EV

Figure 1. Schematic representation of BMMC-derived EVs isolation, and characterization

樣本說(shuō)明

體外用rSCF和rIL-3誘導(dǎo)骨髓細(xì)胞分化為MCs（Mast Cells），流式細(xì)胞術(shù)分析證實(shí)：該細(xì)胞同時(shí)表達(dá)CD117【 gene KIT 】和FcεRI【gene FCER1A】，具有Mast Cells的特征。

此外，實(shí)驗(yàn)證實(shí)resting MCs和 degranulated MCs可以釋放EVs，degranulated MCs比相同數(shù)量的resting MCs釋放更多的EVs。

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lncRNA數(shù)據(jù)實(shí)驗(yàn)大致過(guò)程：

• 1.提取total RNA：Rest-EV和 Sti-EV使用 exoRNeasy Serum/Plasma Maxi Kit (Qiagen)提取 total RNA

• 2.去除rRNA：接著 the Ribo-Zero? rRNA Removal kit(Epicentre, Illumina, WI, USA)進(jìn)行ribosome RNA (rRNA)去除

• 3.鏈特異性建庫(kù)

• 4.Illumina HiSeq4000雙端，150bp測(cè)序

• 5.每個(gè)分組三個(gè)生物學(xué)重復(fù)樣本

這里有個(gè)奇怪的點(diǎn)?。汉罄m(xù)數(shù)據(jù)分析部分只分析了lncRNA，沒(méi)有分析mRNA，看這個(gè)實(shí)驗(yàn)過(guò)程，應(yīng)該有mRNA的數(shù)據(jù)的呀！

miRNA數(shù)據(jù)大致實(shí)驗(yàn)過(guò)程：

• 1.total RNA提?。?exoRNeasy Serum/Plasma Maxi Kit (Qiagen)
• 2.small RNA libraries構(gòu)建：Illumina TruseqTm Small RNA Preparation kit
• 3.文庫(kù)質(zhì)量評(píng)估：Bioanalyzer 2100 system
• 4.測(cè)序：Illumina HiSeqTM 2500 platform

MC-derived EVs的lncRNA數(shù)據(jù)分析

6個(gè)EVs樣本共有110G原始數(shù)據(jù)，低質(zhì)量和短片段過(guò)濾，error rate小于0.08%，GC content均值為 51.89%（ Rest-EV

samples）和49.8%（ Sti-EV samples），比對(duì)率： between 53.65% and 76.35%

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后續(xù)有一個(gè)異常樣本，去除之后剩余五個(gè)樣本鑒定了 397 lncRNAs，包括：99 antisense lncRNAs, 181 lincRNAs, 97 processed transcript lncRNAs, 19 sense intronic lncRNAs and 1 sense overlapping lncRNA

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lncRNA長(zhǎng)度分布范圍：201 to 84,395 bp

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miRNA數(shù)據(jù)分析

PCA分析檢查分組情況：

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比對(duì)率：

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MC-derived EVs樣本中不同類型 small RNAs(i.e. misc_RNA, Mt_rRNA, ribosomal RNA (rRNA) 和other non-coding RNA (ncRNA))鑒定出來(lái)的個(gè)數(shù)占比： 272 miRNAs

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reads長(zhǎng)度分布：18 to 25 nts

The size distribution of the reads was mainly concentrated at 18 to 25 nt (Figure 6(d)), indicating that the small RNA-seq obtained the efficient expression information of miRNAs in MC-derived EVs

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以上文中使用的各種數(shù)據(jù)評(píng)價(jià)指標(biāo)有：原始數(shù)據(jù)量，error rate，GC含量，比對(duì)率，鑒定出來(lái)的lncRNA/miRNA個(gè)數(shù)、長(zhǎng)度，PCA分析看樣本分組情況

文章中有l(wèi)ncRNA、miRNA表達(dá)譜結(jié)果，但沒(méi)有提供原始數(shù)據(jù)下載和數(shù)據(jù)量飽和度評(píng)估。