1. 簡介

KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系統(tǒng)分析基因功能、基因組信息數(shù)據(jù)庫，它有助于研究者把基因及表達信息作為一個整體網(wǎng)絡(luò)進行研究。KEGG主要包含以下數(shù)據(jù)庫：

其中在 KEGG PATHWAY 數(shù)據(jù)庫中，將生物代謝通路劃分為 6 類，分別為：細胞過程（Cellular Processes）、環(huán)境信息處理（Environmental Information Processing）、遺傳信息處理（Genetic Information Processing）、人類疾病（Human Diseases）、新陳代謝（Metabolism）、生物體系統(tǒng)（Organismal Systems），其中每類又被系統(tǒng)分類為二、三、四層。第二層目前包括有 43 種子 pathway；第三層即為其代謝通路圖；第四層為每個代謝通路圖的具體注釋信息。

2. 探索

首先打開KEGG數(shù)據(jù)庫，你會進入下面這個界面，我們直奔主題，點擊KEGG PATHWAY。

點擊三級分類的通路，就可以找到我們想要的pathway map了。比如點擊三級分類pathway map 的“cell cycle”，然后就進入了下面這樣的界面。

一般默認是人的pathway，如果你像查看其他物種上的pathway，你需要點擊下拉三角形，選擇你所關(guān)心的物種。如下面圖中所示

3. 看圖說話

在KEGG中有兩種代謝圖

• 參考代謝通路圖reference pathway，是根據(jù)已有的知識繪制的概括的、詳盡的具有一般參考意義的代謝圖，這種圖上就不會有綠色的小框，而都是無色的，所有的框都可以點擊查看更詳細的信息；

• 特定物種的代謝圖species-specific pathway，會用綠色來標(biāo)出這個物種特有的基因或酶，只有這些綠色的框點擊以后才會給出更詳細的信息。

這兩種圖很好區(qū)分，reference pathway 在KEGG中的名字是以map開頭的，比如map00010，就是糖酵解途徑的參考圖；而特定物種的代謝通路圖開頭三個字符不是map而是種屬英文單詞的縮寫（應(yīng)該就是一個屬的首字母+2個種的首字母）比如酵母的糖酵解通路圖，就是sce00010，大腸桿菌的糖酵解通路圖就應(yīng)該是eco00010。
代謝通路中各種符號標(biāo)識 ：

• K+num：基因ID號，表示在所有同源物種中具有相似結(jié)構(gòu)或功能的一類同源蛋白
• ko+num： 代謝通路名稱，表示一個特定的生物路徑
• M+ num： 模塊名稱
• C+ num： 化合物名稱
• E-,-,-,-： 酶名稱
• R + num : 反應(yīng)名
• RC+ num ： 反映類型
• RP+num： 反應(yīng)物對

圖例作用關(guān)系：

參考：
https://www.wxwenku.com/d/106727898
http://blog.sciencenet.cn/blog-1835014-1123749.html