最近裝bioconda走了很多彎路，記錄下來以便自己回顧學(xué)習(xí)~
虛擬機：VMware??? 系統(tǒng)：bio-linux-8
安裝教程參考這里：
http://www.360doc.com/content/18/0715/20/19913717_770622175.shtml
#下載和安裝miniconda
$ wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#下載完成后在終端中安裝
$bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
按照提示安裝，完成后
$source ~/.bashrc #使以上的安裝立即生效
此時出現(xiàn)報錯：command not found: shopt
原因：linux 配置./bashrc 錯誤。系統(tǒng)使用的是zsh，故應(yīng)該把bash換成zsh
參考：https://blog.csdn.net/weixin_30709809/article/details/97087306
解決方法：$source ~/.bashrc? 改為：$source ~/.zshrc?? 成功~~
#輸入以下命令檢驗miniconda是否安裝成功
$ conda list
然后利用conda install 軟件名+版本號安裝軟件即可，此時我需要安裝的軟件是hisat2、stringtie、samtools，安裝的命令為：
$ conda install hisat2
安裝報錯：conda安裝環(huán)境報錯：Solvingenvironment: failed with initial frozen solve.
解決方法1：
參考：https://blog.csdn.net/weixin_41622348/article/details/100582862
更新conda到最新版本：conda update -n base conda
再查一下conda版本：conda -V
并不是最新版本conda 4.7.11
第二次更新conda到最新版本：conda update -nbase conda
第二次很重要?。?！而且，這次它讀環(huán)境的時候賊慢，我以為我電腦卡死機了呢，半年不動彈，等著就行了
更新完后再查一下conda版本：conda -V，發(fā)現(xiàn)是最新版本conda 4.7.11
然后執(zhí)行：conda update --all
然后，裝啥啥好使，整啥啥好使，啥啥都好使，好使就完事了?。。。。?！
（然鵝，我的問題并沒有解決）
解決方法2：
參考：https://www.cnblogs.com/hellojiaojiao/p/10790273.html
瀏覽器打開https://anaconda.org。查所要安裝的包（如：samtools），會顯示可用的版本。選擇適合自己的版本（bioconda/samtools）。如選擇的是,在命令行中輸入：
$ conda install -c https://conda.anaconda.org/bioconda samtools? 注意bioconda和samtools之間沒有“/”。
（成功）
終極解決方法：
參考：https://www.cnblogs.com/RB26DETT/p/11620693.html
應(yīng)該是路徑中沒有添加需要安裝包所在的channel導(dǎo)致, 可以通過下面的方法徹底解決：
終端中輸入代碼：
conda config--add channels bioconda
再通過conda或者pip安裝自己需要的包就不會再出問題了。
