1.上Genome Announcements網(wǎng)站（https://mra.asm.org/）找一篇細(xì)菌基因組文章,輸入Lactobacillus genome（乳酸菌基因組），點(diǎn)擊搜索
結(jié)果
2.點(diǎn)擊第二條，找到文章記載的SRA登錄號(hào)，點(diǎn)擊進(jìn)入
結(jié)果
1.PNG
3.用prefetch下載SRA文件
prefetch SRR9695707
結(jié)果
4.找到SRA文件并解壓
fastq-dump --gzip --split-files ~/ncbi/public/sra/ SRR9695707.sra
結(jié)果
5.運(yùn)行fastqc進(jìn)行質(zhì)量評(píng)價(jià)
fastqc SRR9695707_1.fastq.gz SRR9695707_2.fastq.gz
結(jié)果
6.運(yùn)行Trimmomatic去接頭
java -jar ~/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar PE -phred33 SRR9695707_1.fastq.gz SRR9695707_2.fastq.gz ./trim_out/output_forward_paired.fq.gz ./trim_out/output_forward_unpaired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_paired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:/home/y/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq2-PE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:75
結(jié)果
7.運(yùn)行SPAdes,組裝細(xì)菌基因組
spades.py --careful --pe1-1 output_forward_paired.fq.gz --pe1-2 output_reverse_paired.fq.gz -o ./SPAdesout_new
結(jié)果
8.Quast評(píng)價(jià)組裝的基因組效果
quast.py contigs.fasta -o quast_out
結(jié)果
打開report.html
