安裝：
wget https://github.com/hewm2008/LDBlockShow/archive/v1.40.tar.gz
tar -zxvf LDBlockShowXXX.tar.gz
?cd LDBlockShowXXX;??
cd src;
sh? make.sh? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
基礎(chǔ)用法：繪制 LD 熱圖
LDBlockShow -InVCF input.vcf.gz -OutPut output_prefix -Region chr1:10000-20000
-InVCF: 輸入的 VCF 文件（推薦.vcf.gz格式）。
-OutPut: 輸出文件前綴，如output_prefix，生成的文件為output_prefix.svg等。
-Region: 指定繪制的染色體區(qū)域。
設(shè)置 LD 度量標(biāo)準(zhǔn)
LDBlockShow -InVCF input.vcf.gz -OutPut output_prefix -Region chr1:10000-20000 -SeleVar 2
可以選擇 LD 統(tǒng)計(jì)指標(biāo)：
1: D' (默認(rèn))
2: R2
3/4: 同時(shí)計(jì)算 D' 和 R2
亞群分析
LDBlockShow -InVCF input.vcf.gz -OutPut output_prefix -Region chr1:10000-20000 -SubPop subgroup.txt
> cat? subgroup.txt
sample1
sample2
sample3
設(shè)置 LD 分塊策略
LDBlockShow -InVCF input.vcf.gz -OutPut output_prefix -Region chr1:10000-20000 -BlockType 2
1:PLINK 的 Gabriel 方法（默認(rèn)）
2: Solid Spine of LD
3: 基于 RR/D' 的 Blockcut
4: 使用自定義的固定區(qū)塊
5: 不進(jìn)行分塊
如果選擇BlockType 3，還可以設(shè)置 LD 閾值，例如：
LDBlockShow -InVCF input.vcf.gz -OutPut output_prefix -Region chr1:10000-20000 -BlockType 3 -BlockCut 0.8
