【R語言】DAVID KEGG富集分析結(jié)果可視化

小編前面也用了好幾期的內(nèi)容來給大家分享如何零代碼做GO和KEGG富集分析,主要用到的是DAVID這個網(wǎng)頁工具,并且零代碼展示GO和KEGG富集分析的結(jié)果,主要用到的是Excel。

1.基因富集工具DAVID介紹(一)-基因ID轉(zhuǎn)換
2.基因富集工具DAVID介紹(二)-KEGG富集分析
3.基因富集工具DAVID介紹(三)-零代碼展示KEGG富集結(jié)果
4.基因富集工具DAVID介紹(四)-GO富集分析及柱形圖展示

5.零代碼GO富集分析—柱形圖同時展示BP,MF,CC,KEGG

6.零代碼GO富集分析—一張圖展示BP,MF,CC

可能有人會覺得Excel畫出來的圖不是那么好看,并且只能畫柱形圖。如果有一些R基礎(chǔ)的話,我們可以繪制出一些更精美的富集分析圖。前面小編也給大家介紹過

?GO簡介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO和KEGG富集分析視頻講解

也給大家演示過如何使用R來繪制四種不同風格的GO和KEGG富集分析圖

?GO富集分析四種風格展示結(jié)果—柱形圖,氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖,氣泡圖,通路圖

那么DAVID富集分析的結(jié)果,我們能不能用R來展示呢?答案是肯定的。

在上一期的內(nèi)容里面我們就給大家介紹過

?【R】四種風格展示DAVID GO富集分析結(jié)果

今天我們接著來講講,如何使用R來展示DAVID KEGG富集分析的結(jié)果。其實最關(guān)鍵的一步是如何將DAVID富集分析的結(jié)果讀到R里面,并且整理成繪圖所需要的的數(shù)據(jù)格式。

我們還是會用paper中經(jīng)常會看到的兩種方式來展示DAVID KEGG富集分析的結(jié)果。關(guān)于DAVID的使用,以及KEGG富集分析結(jié)果下載請參考

?基因富集工具DAVID介紹(二)-KEGG富集分析

1. 氣泡圖

2. 柱形圖

完整代碼???

【R語言】DAVID KEGG富集分析結(jié)果可視化

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